在靖国神社供奉的阵亡二战日军军人当中,被征入伍的的台湾和韩国人也在内。
还有,靖国神社也在1978年秘密将14个被盟国远东军事法庭入罪和处决的甲级战犯放入它们供奉的名字里。
这些甲级战犯包括首相东条英机和外相广田弘毅。正由于这班主要战犯的灵位也同时供奉于神社内,所以每当日本政府要前往靖国神社参拜,都会引起邻近二战期间遭受过日本侵略的国家及人民的反对。
而日本政治环境右翼化。领袖频频前往作官式参拜,因而使邻近受害国家政府和民众的抗议加剧。
在第二次世界大战的时候,靖国神社曾经作为神风特攻队的出发仪式举办地。往往有日本二战退伍老兵在此举行各种悼念活动。
身着二战时期日本旧军装,举行列队示威,口呼军国主义口号,因此,靖国神社也被认为是日本军国主义分子的精神圣地之一。
此外,靖国神社大门旁边一个纪念碑上的浮雕,一幅描绘的是中日甲午海战,另一幅是抗日战争时期日军入侵上海。
都是正面描绘当时日本军队如何“英勇”作战的。这是不折不扣美化当年侵略战争的做法,也令中国人民非常不快。
为日本政府官员参拜靖国神社辩解的人认为,神社的废存早在1945年10月已由当时占领日本的联合国最高司令官总司令部决定。所以靖国神社已和军国主义没有关连,只是一座普通的宗教场所,民间人士在神社内对军国主义的祭祀只是个别人的立场。
靖国神社实际上并不具有任何影响力,因为美国已经牢牢控制着日本的对外政策与军事,靖国神社充其量只能成为怀旧右派的纪念碑 。
第二次世界大战后,日本参拜靖国神社的活动曾有所收敛。
但自1975年三木首相以私人身份参拜靖国神社以来。日本政府的某些官员,不顾国内外舆论反对,不断有前往靖国神社进行“慰灵祭”活动,引起了一切爱好和平人民的不满与愤慨。
政治人物参拜靖国神社有历史、文化及宗教等因素,但参拜这种供奉有二战甲级战犯牌位的国家级的神社,政治因素普遍被认为是其中的主要因素。
例如有分析指出。小泉纯一郎的参拜就与日本遗族会的不断催促,换取日本遗族会的支持与选票有关。
参拜靖国神社也同时被外界——特别是中国、朝鲜及韩国等二战中被日本侵略的国家,认为是日本领导人对右翼观点的认同。而不能对日本的侵略历史进行反省。
包括中国、韩国等曾受到侵略的国家认为,在当年联合国下决定之前,神社内并未供奉二次大战的战犯。
而这近2000位战犯,包括东条英机等14个甲级战犯的牌位,乃于1978年10月秋祭时秘密安放。
从此。靖国神社的性质有了根本性的改变,它的地位也应该被重新审定。
部分人士更认为:“把这两千多名战犯的牌位迁入神社。表明日本官方对历史并未有作充分的反省。”
二战后,日本天皇每年都要参拜靖国神社,自从战犯灵位进入神社被暴露后,天皇自1979年后再也没有正式参拜靖国神社。
参拜靖国神社不论在任何时间都会有严重的政治后果。比如2002年4月的再次参拜,令中国非常愤怒。
2005年4月27日中国驻日大使王毅说,中国和日本在1985年中曾根康弘参拜靖国神社之后同意,日本高层领袖不再参拜这座神道教的神社,以换取中国不反对低层官员的参拜。
翌日,于1982年到1987年担任日本首相的中曾根康弘中曾根即称:“这是完全与事实不符的。”并且“正式否认有‘君子协定’的存在。”
2005年5月23日,中国副总理吴仪以国内有紧急事务为由,无预警地取消了原定与日本首相小泉纯一郎的会面,提前结束访日行程;但并未变更5月24日原定的访蒙计划。
拒中国官方否认此举与靖国神社议题有关,仍有许多人认为中国方面借此表示对小泉首相将再参拜靖国神社之发言的不满。
日方认为取消会面此举严重违反了国际外交礼仪,中国官方并未就此道歉。
大部分日本人,无论对于首相参拜靖国神社持赞成或反对意见,都认为这是日本内政问题。其他国家不应以任何行动予以干涉或企图干预。
小泉也自称参拜是基于个人信仰和日本的文化传统,别国不应该对此说三道四,这番话在日本国内也有很大共鸣。
1945年,联合国占领军总司令部国神社,为此靖国神社举行“临时大招魂祭奠”,把许多未死的人也来祭祀。后改为宗教法人才得以幸存。
1955年以后,自民党5次提出《靖国神社法案》,要求将靖国神社改为“特殊法人”,试图将之国营化。
1974年,由于日本社会的广泛抗议。才没有成功。在正殿的神座(安置神体的地方),当初是只一座。战后,为了祭祀于台湾神宫及台南神社的北白川宫能久亲王和祭祀于蒙昧疆神社(张家口)的北白川宫永久王,重新设立了别的神座。因此有两神座。
日本厚生省1966年将含有甲级战犯的祭祀名录交给当时的靖国神社宫司(即负责人)筑波藤磨。但筑波没有把他们的牌位供奉上去合祭。
1978年10月靖国神社宫司松平永芳(战败时期的宫内大臣松平庆民的长