1937年，在北大任教的周作人没有离开南下，成为四名“留平教授”之一。没有离开的还有孟森、马裕藻、冯祖荀。当时的北大校长示意他不走，看管北大校产。
其它三个留守教授都垂垂老矣，及时去世，也未出任伪政府职务，偏偏周作人和日本人走动很近，在1939年刺杀事件之后，先后担任北大图书馆长，华北教育委员会委员，教育总督办，东亚文化协议会会长，华北调查综合研究所副理事长，报道协会理事，中日文化协会理事。
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刺杀事件？
1939年元旦，周作人正在和前来贺年的北京女子师范学校教员沈启无聊天。沈启无为燕大的旧学生。
这时候，工役徐田进来，递上一封信，说有两个学生来拜见二先生(即周作人)。周作人性情恬淡，对来客都不拒绝。
本来周作人和沈启无对桌而坐，因为要进来两个学生，沈启无便从桌子的对面，坐到周作人旁边的沙发上。
两个学生进了客厅，周作人站了起来。一个学生对另一位学生说：“这就是周先生。”
那个学生距离周作人只有一米远，迅速从衣袋中掏出手枪，抬手就是一枪，击中周作人的左腹部。
周作人应声跌倒。
沈启无闻听枪声，条件反射地站了起来，下意识地说：“我是客人”。学生以为他要反抗，又是一枪，射中胸部。沈启无应声倒地。
学生得手后，跑走不见了。
周作人、沈启无，被周家人送到日华同仁医院救治。周作人实质上子弹恰好打在周作人毛衣的纽扣上，金属纽扣一方面减缓了子弹的冲击力，一方面改变了子弹的轨迹，结果只是擦伤点皮。伤势较轻，敷了点药就回去了。
沈启无因子弹穿过肺部留在后背，伤势较重，住院治疗。
当天下午，日本宪兵就把周作人叫到宪兵队(现如今沙滩北大红楼)的一间地下室，足足询问了两个钟头的话。
从第二天起，伪警区署就派来便衣住在周作人家里，既是保护，又是监视。周作人倒也安心接受。出门时，侦缉队员也不离其左右。
这就是轰动一时的刺杀周作人案件，但日本人始终没有侦破。
这件事，最后没有破案，解释很多。
周作人本人认为，这是日本人逼迫他，要他合作。于是，他很快就和日本人合作了。当然，这是他一致的借口。
有人说，是北平的青年组成的锄奸队刺杀的。这个锄奸队时军统外围组织。
后来，一个在美国的华人写了文章，说只他干的。不过，其中疑点颇多。
有的学者曾说：“一颗子弹没有钻进他的肚皮，却打弯了他的膝盖。”
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从名字上就能看出来的汉奸组织，甚至是特务组织，他都参加。
如今，历史的轨迹发生了变化，日本人竟然不行了，赶走了。怎么办？离开，还是留下？一家老的老，小的小，怎么走？奶奶鲁瑞虽然已经去世，但作人也不小了。再者说，一个又名望的文化人，往哪里走？
信子也傻了。现在，政界军界的人自行撤离，夫君不过是个教授，在这撤离的生死时刻，谁理睬他？
怎么办？
八路军占领北平，不会把夫君抓起来吧？
就在周家气氛沉闷的时候，有人敲门了。
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来人是曾经是北大的学生，如今不知道做什么工作。他和周作人密谈了一阵，就离开了。
家人马上围拢过来，走在前面的是信子。她依旧是圆饼脸，却没有梳成日本的圆头，走路依旧是颠颠的，一进苦雨斋客厅，就问有什么消息。
周作人道：“我决定了。我们不走。”
信子现在岁数大了，不是年轻的时候了。那时候，她想发脾气，就发脾气，想晕倒，就晕倒。她问道：“为什么？”
周作人：“好歹我当年也是和他们的主席有过交往的。他们的主席如今虽然在延安，却指挥两百万人，声势很大，说了算数。”
芳子：“刚才来的人说什么？”
周作人：“刚才来的人是延安的。他说，南京政府不会饶了我，但是延安不准备办我。他还说：他们不准备与文人为难，但是，要我提高认识，站对立场，做一些实事，证明自己。如果做一些有利于国家的事情，就可以抵罪。”
信子：“他们要你做什么？”
周作人：“他们要我帮助稳定人心，把学校保护好。”他的心情平静了很多。
信子：“你不过是个图书馆长，教授，怎么让学校稳定？我们凭什么听他的？我们要不要赶紧离开？”
周作人：“只要我和几个教授通气，在通知教工，把政策说明白，就可以了。另外，他们在学生里有人，不需要我和学生们谈话。你不要说了。我还是有一些学生的。我是可以做事的。”
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1，关于日军主动退却：日军在１９４３年常德会战的时候，曾经主动撤退。１９４４年。日军在桂柳战役中一度打到了贵州境内，但还是主动撤退了。
2，羽太芳子1964年逝世于北京，寿68。羽太信子1962年逝世于北京北大医院，寿75。
3，1945年12月，政府将周作人逮捕。罪名是汉奸罪。随即，他被押解到南京受审，关在老虎桥监狱。
4，入狱后，周的学生，朋友纷纷为他求情。蒋梦麟也说明了他要周作人留平看管校产。1946年11月6日，高等法院判14年有期徒刑