战船的形态一时间无法改变，因此明军特意加强了战船上的火炮布置，意图加强战船的战力。
明军水军一般都是由郑成功亲自率领指挥，只不过这个时候由于郑成功疾病缠身，无法出征，因此派遣手下大将刘国轩统兵前去迎战，刘国轩这个人素有谋略，但是为人比较奸诈，郑成功欣赏他的胆识和才智，加上自己的文治武功都比较出众，因此能够放心的将他驯服，但是未来由郑经接管了明军的大权之后一切就都不好说了，他刘国轩还能像这样安稳吗？
郑成功为此特意在军中拉起了另一派，这就是冯信，冯信是陆军大将，刘国轩是水军大将，两者互相依存又互相制约，在眼下的局势之中明军没了水军将失去保护伞，成为清军眼中的一块肥肉，几乎无返立足，但是如果失去了陆军，明军的水军再强也无法找到根基，就像是浮萍一样漂泊无依，最后还是难逃覆灭。
刘国轩和冯信两人的互相攻讦使得郑成功能够牢牢的控制住手中的这支军队，但是他已经发现了自己长子郑经似乎跟冯信走的有些近，这可不是一个好势头，刘国轩这时候毕竟还是水军中不可或缺的大将，如果将来郑经的手下没了刘国轩的位置，那刘国轩他会怎么干？
这些都是埋在明军中间的隐患，但是眼下最要紧的还是击败荷兰人再来处理这些事情。
明军出海之后在大海湾一带沿着九段鲲布置了一条防线，防止荷兰人从这里进攻，荷兰人这个时候不知道是否知道台湾城已经被明军攻破的消息，如果不知道的话按理来说首要的目标就是前来增援城中的守军的，所以刘国轩吧重点放在了台湾城附近，他在二鲲身岛的东侧和一鲲身的东侧都埋伏下一支水军，自己率领剩余的水军从北尾线岛和一鲲身之间的大港出海，然后派出了许多快船前探去打探荷兰人的动向，又跟台湾城里面的明军协商，将城中原来荷兰人的旗帜全部竖起来了，以造成台湾城还在荷兰人手中的假象。
刘国轩的目的很简单，就是诱骗荷兰人的战船靠近海岸，这样一来荷兰人船身速度的优势将会被很大削减，加上明军之前就布下的暗桩，荷兰人的战船很有可能会搁浅，这样一来就给了明军群起围攻的的机会，明军战船数量众多的优势就能得到最大发挥。
刘国轩另外的计策就是以自己为诱饵，与荷兰人交战，然后佯装不敌，从大港撤到大海湾去，只要荷兰人跟进来，从一鲲身和二鲲身的伏兵就可以从两翼包抄，切断荷兰军队的退路，再进行围歼。
明军在台湾东南沿海一带一直等候了四五天，始终不见荷兰人的船队的影子，刘国轩不由得心里打鼓，莫非荷兰人提前知道了自己的部署，绕到别的地方攻上了岛吧？
他越想越担心，连忙派人到岛中去查看军情，看看荷兰人是否真的从别的地方进攻了。得到的结果又让他疑惑不已，岛上各处并未受到荷兰人的攻击，各地的明军也没有见到过荷兰人，刘国轩还会不放心，又派人前去澎湖联络当地的明军查看荷兰人是否经过了台湾海峡。
不久之后派去打探消息的士兵回来禀报说荷兰人并未通过海峡，刘国轩这个时候已经意识到了不对劲，荷兰人难不成是跟清军搭上了线，联合到了一起了？如果那样的话荷兰人当真不着急进攻台湾岛，那金门可就危险了，他连忙将自己的猜想向上汇报给了郑成功。
郑成功这时候也意识到了形势有点不对劲，只不过他还没有想到清军会和荷兰人勾结到一起去，如果这个猜想是真的话，那么金门岛这个时候肯定是相当危险，不久前才传来了厦门城失陷的消息就令明军内部震动不已，如果金门岛再有什么事情发生的话不仅是对明军士气的巨大打击，更会使得明军水面实力急剧减少，到那个时候将要不得不面对和清军的旷日苦战，郑成功不敢耽搁，一面下令刘国轩马上率军前去金门支援郑经，一面调遣明军沿海岸线部署，防止荷兰人可能的调虎离山式的偷袭。
项玉这时候正带着部队在万年县开垦荒地，由于明军在当地汉人和土人中间开始征兵，项玉的部队这个时候也已经重新招募到了五百名士兵，这些人中大部分是岛上的汉人，他们从军的热情很高，因为知道要靠明军来保卫自己在岛上的正当权益，避免重新陷入荷兰人的殖民和被岛上的原居民欺负的时代，汉人士兵训练比较认真，虽然仅仅过去了一个多星期，他们已经能够使用火绳枪了，由此也可见火器的操作相比于复杂的弩箭和弓箭手来说要简单的多，一名弩手或者弓手要经过漫长的训练才能达到实战的要求，而一名新兵只需要教会他使用火器，在战场上排成阵型放枪就能达到他的威力，虽然还不能和精锐和成熟的老兵相比，但是也可以参见战斗了。
剩余一百多名新兵都是岛上的土人，绝大部分都是高山族人，他们从小在山林间长大，擅长搏击和箭术，对于火器反而十分抗拒，并不愿意使用明军配发的火绳枪，起初的时候只要明军一开枪，他们都能吓得跪倒在地，口中呼喊着奇怪的语言，项玉十分奇怪，派人询问之后才得知原来他们将枪声当成了神祗的怒吼，吓得他们不敢侵犯，项玉苦劝无效，只好不给他们配备火枪，按照明军的标准发给他们每人一把复合角弓，这些弓比他们之前使用的长弓要精良许多，土人士兵十分欢喜，项