孙传庭最终弄明白了崇祯皇帝的意思，那就是皇帝想重新启用他，让他去提督陕西、河南军务，剿抚越演越烈的流寇之患。
这三年的牢狱生活，已经让孙传庭性情大变，他以往的性格，也只体现在了初见崇祯皇帝时候那一句带着怨气的问询上，后面都是顺着崇祯皇帝的意思说话。他当然不会拒绝再一次改变命运的机会，没有任何推拒，也没有任何扭捏，就接受了崇祯皇帝要他能临危授命，前往河南剿灭流寇的授意，拍着胸脯保证，只要他孙传庭还有一口气在，一定替皇帝剿灭流寇，荡平建奴，还天下以安宁。
崇祯皇帝也很果断地恢复了此前孙传庭了职位，兵部右侍郎兼右佥都御史，并提督河南、陕西军务。在当场宣布了此任命后，崇祯皇帝也问了孙传庭，需要调遣何部人马。
在和崇祯皇帝对言间，孙传庭已经基本了解了这几年大明官军与建奴，还有与流寇之间的争斗情况，对这些年的战况也大概了解，主要的总兵官的战功也有些数，听崇祯皇帝这样问，他考虑了一下后，也直接回答了：“希望陛下能将曹变蛟所部划归臣所属，再将大同曹越所部交给臣指挥，其余人马，随陛下划拨，臣没有特殊要求。”
“好，朕答应你的要求，即令曹变蛟率部入关，且你平定流寇，不过，”崇祯皇帝顿了顿后，语调一转，“曹越的大同军朕可以交给你，但曹越却不能随你一道去河南平叛。”
“这是为何？”孙传庭一头雾水，弄不清楚崇祯皇帝此举是因为什么。
曹越和曹变蛟的战功是摆在那里，这兄弟是如今大明最有实力的战将，曹变蛟不用说，孙传庭见识到过其功，差点把李自成追的走投无路，最后只率十八骑逃走。但曹越却是没见到过，大同军是曹越一手训练出来的，要发挥最大的战斗力，肯定由曹越指挥为好，换成其他将领，战力肯定会大打折扣。而且孙传庭也对曹文诏的这个儿子非常感兴趣，很想亲自见识一下曹越指挥作战的手段。
崇祯皇帝却不想让曹越随他一起出征河南，孙传庭当然不得其解。
“朕已经准备让曹越当朕的驸马，将坤兴公主下嫁与他。朕想让他在完婚后，提督京营，大同交由其他人镇守，所以，他不能随你出征!”崇祯皇帝说话间一副意味深长的神色。
孙传庭刹那间就明白过来崇祯皇帝的意思，这皇帝老儿虽然说的好听，就像非常宠信曹越一样，要给曹越更高的待遇和职位，但摆明了就是要摘桃子，夺曹越亲自训练出来、战斗力非常强大的大同军，还想借曹越的能力，将京营训练成同样有战斗力的军队。
这算盘打的不错，但曹越会轻易把大同军交出来吗？
孙传庭是非常清楚如今大明那些掌握实际军权人物的脾性，要他们交出军队，那等同于要他们的命，没有人会甘心这样做的。孙传庭相信有这般能耐的曹越，也不会轻易丢弃手中的兵权。提督京营，虽然说的好听，但谁都知道，京营并不是那么容易掌管的，这背后牵涉到的利益又有多少呢？
曹越再能耐，也没办法完全掌控京营，更不要说把京营将士训练成捍卒。
孙传庭也把自己的担心说了出来：“陛下，要是曹越不愿意接受朝廷的旨意，不愿到京营任职，把军队交给臣，那如何是好？”
“这是朕的旨意，他不敢不尊的!”崇祯皇帝皱了皱眉。
“如今大同危机四起，李岩、刘宗敏的大军共犯大同，曹越有足够的理由抗命!”
崇祯皇帝想了一下后，闷声说道：“待大同危机过去，你执朕的旨意，亲自去大同，将大同军从曹越手中要过来!”
“曹越手中有陛下所赐尚方宝剑，臣怕被他一怒之下杀了!”孙传庭依然讨价还价。
正在这时候，外面宫人传报，说有大同送来的紧急军情奏报。崇祯皇帝听后，走进令人将军报送进来。王承恩也没等崇祯皇帝吩咐，赶紧小跑着过去将军情接了进来，呈了上去。
崇祯皇帝赶紧打了开来，仔细看了起来。这一看之下，刚才被孙传庭几句话惹出的不快马上消除了，忍不住叫出声来：“太好了，曹越竟然在城下大败李岩，流寇从大同城下败退，刘宗敏部也停止了北上的步伐。太好了，哈哈!”
“陛下，曹越还真是员能力出众的战将，竟然敢以劣势兵力出城迎战，而且取得了不俗的战绩!”孙传庭听了后，也为之肃然，这个曹越，真不是一般人物，竟然有如此能耐，他真的很想好好见识一下，让这个人当他的左右手，当下马上请求：“陛下，臣还是请求同意，让曹越随臣一道出征河南!”
“朕不许，”崇祯皇帝却是坚决拒绝了孙传庭的请求：“如今大同危机解除，京畿一带无忧，你就替朕走一次大同，犒赏大同军的同时，令曹越回京，与坤兴公主完婚，并提督京营。”
“陛下，臣觉得，曹越肯定不愿意离开大同，放弃他新手打造的大同军!”孙传庭还是希望曹越能带领大同军加入他的麾下，因此还是坚持自己的说法，“臣觉得，还是令其率军征战河南为好!”
“朕说不行就是不行，曹越必须离开在同来京，”想到大同的危机是曹越解除，京师的危机也随着大同危机的解除而消散，崇祯皇帝也软了口气，退了一步，“你可以答应他一些条件，比如可以让他带走一部分人马，及其他一些不出格，朕能做到的条