bc2332年，尧祭祀洛水，希望能够祈祷洪水退去，却没有用处。当时洪水已经极为严重。
《尚书尧典》记载：“汤汤洪水方害，荡荡怀山襄陵，浩浩滔天。”
“当尧之时，水逆行，泛滥于中国。”（《孟子滕文公》）
“大溢横流，无有丘陵、沃衍、平原、高阜。”（《吕览爰类》）
“川，水中可居者。昔尧遭洪水，民居水中高土，故曰九州。”（《说文川部》）
“民皆上丘陵，赴树木。”（《淮南子》
到尧帝时期时由于全球气温的持续升温，使得地球上的冰雪特别是南极和北极的冰川加速融化，促使海平面升高，使沿海地区出现大规模海浸。至此第二次洪水出现。海平面大幅上升，比现在高2——4米，高于大陆低地，使得发生海水倒灌。在第二次洪水之前，大陆的面积远比现在大，现在中国东海的大陆架、美国迈阿密以东的部分地方、北海、白令海峡等“海”均为陆地，洪水发生之后都被淹没。
悬棺葬是一种将死人棺木送上悬崖峭壁的奇特葬俗，遍及我国南方十省区，以福建崇安武夷山的悬棺为最早，经碳十四测定可到新石器时代。在缺乏起重设备的年代，是如何将成百上千斤葬具运上近百米悬崖上的？古人为什么要这么做？根据葬具呈船形、有鱼骨随葬的情况，悬棺葬的产生应该与那场大洪水有关。大洪水席卷大陆，只有极少数人逃往事先造好的船上，他们以船为家，随波逐流，死后以船为葬具，葬具最初是搁置于海岸线上的。若干年以后，洪水消退，沧海变桑田，大地恢复了原来的模样，于是海岸线就变成了悬崖，他们的墓地也变成了悬棺葬。悬棺葬，东方的诺亚方舟。
此时尧不仅担心洪水，也在操心接班人的问题。之前选的接班人都已经老去，所以尧想找个年轻的接班人，就想看儿子朱是否合适，可是朱虽长大成人，却不务正业，游手好闲，聚朋嚣讼斗狠，经常招惹祸端。
帝尧心想：要使朱归善，必先稳其性，娱其心，教他学会几样本领才行。起初是教习打猎本领，朱不喜，尧叹气说：“你不愿学打猎，就学行兵征战的石子棋吧，石子棋学会了，用处也大着哩。”说着用箭头在一块平坡山石上用力刻画了纵横十几道方格子，捡来一大堆山石子，又分给丹朱一半，手把着手地将自己在率领部落征战过程中如何利用石子表示前进后退的作战谋略传授讲解给朱。朱此时倒也听得进去，显得有了耐心。
此后一段时日，朱学棋很专心，也不到外边游逛，他的老师散宜氏心里踏实些。帝尧对散宜氏说：“石子棋包含着很深的治理百姓、军队、山河的道理，朱如果真的回心转意，明白了这些道理，接替我的帝位，是自然的事情啊。”孰料，朱棋还没学深学透，却听信先前那帮人的坏话，觉得下棋太束缚人，一点自由也没有，还得费脑子，犯以前的老毛病，终日朋淫生非，甚至想用诡计夺取父帝的位置，散宜氏痛心异常，大病一场而逝。
帝尧十分伤心，再也不想看到朱。bc2327年，尧派后稷将其流放到丹水（河南濮阳范县辛庄乡丹朱村），成为一个普通的诸侯王，从此其被称为丹朱。
以后的陶器上便产生围棋方格的图形，史书便有“尧造围棋，以教丹朱”的记载。
接班人的问题没有着落，但是洪水的事情已经迫在眉睫，尧再不能忍受共工等官员治水的无能。
一天，他把手下的大臣找到身边，对他们说：“各位大臣，如今水患当头，人民受尽了苦难，必须要把这大水治住，你们看谁能来当此大任呢?”
于是群臣和各部落的首领都推举颛顼的后代鲧。鲧为夏后氏首领，是黄帝的玄孙、颛顼五世孙，妻为有莘氏之女志，也叫脩己。
bc2324年，即尧帝六十一年，鲧被尧封于崇，为伯爵，世称“崇伯鲧”或“崇伯”，受命治理洪水水患。所以夏后氏又称有崇氏。
鲧用障水法，也就是在岸边设置河堤。但水却越淹越高，历时九年未能平息洪水灾祸。
长期以来，人们认为鲧的治水方法不当，是堵，所以失败了；而继任者大禹的方法正确，是导，所以成功了，从而成为千古一帝。
实际上，鲧受到查处是一桩千古冤案。要知道，这场洪水的特点是海水倒灌，至少在早中期无处排泄，导无可导，只能采取堵的办法。而且鲧以堵治水的方法分为三个层次：一是筑大土墩子，给灾民提供安身之所；二是修建堤防；三是修建城堡。
鲧以前，我国社会是散居野处，鲧对造城是有专利权的。《吕氏春秋》：“夏鲧作城。”《水经注》：“鲧作城郭。”《吴越春秋》：“鲧筑城以卫君，造郭以守民，此城郭之始也。”城池兼有防水的功能，华夏历史上鲧是最早的城池建造者。城市还是文明的标志，使华夏人类结束了居无定所的历史，是构成国家的一大要素，他的孙子启正在这个基础上建立了我国历史上第一个国家——夏，我国考古发掘的最早城址是夏的二里头。
鲧治水方法并无不当，堵是针对这场特殊洪水行之有效的方法。这场自旧石器晚期至新石器晚期的洪水可以分为干燥、洪水、波动、洪水、平稳五个时期，鲧和禹大约处于第二次洪水与最后一个阶段的平稳期的气候转折时期。
其实鲧时代已经进入平稳期，气温呈现波动