于是韩世忠除了三千官军外，又募得五千青壮参战，韩世忠视形用兵，将精锐官军编为四队，便为救应，四面城池皆布人马驻守。又打开军需府库，犒赏士卒，分发器械，官军士气大振。
石宝兵马到来之后，猛攻越州数日不下，韩世忠百计退敌，石宝终不能克越州，随后四面宋军询问来援越州，石宝兵败越州城下，最后只率领五千残兵逃往处州等地。
再说石宝分兵去后，杭州兵马更显单薄，宋军那里童贯也为石宝一支兵马逃遁而暴怒，立时吩咐宋军进逼杭州。杭州方腊军马与宋军血战数日，但终究兵力不足，外围州县逐渐失守，宋军大举围攻，最终将方腊军马分割包围在杭州与帮源洞两处。
杭州孤城被围，宋军并力攻打数日，最终杭州失陷，右丞相祖士远只带数千人马杀出重围来，退回帮源洞。
却说方腊在清溪帮源洞中大内设朝，石宝领兵去后，方腊还期待着石宝那里能传来捷报，与文武百官计议宋军用兵之事。却不想只听见杭州兵败残军马回来，报说杭州已陷，尚书王寅、侍郎高玉俱已阵亡了。今宋兵作两路而来，攻取清溪。
方腊见报大惊，当下聚集两班大臣商议，方腊道：“汝等众卿，各受官爵，同占州郡城池，共享富贵。岂期今被宋江军马席卷而来，州城俱陷，止有清溪大内，石宝统兵向外，胜败未知。今闻宋兵两路而来，如何迎敌？”
当有左丞相娄敏中出班启奏道：“今次宋兵人马，已近神州，内苑宫廷，亦难保守。奈缘兵微将寡，陛下若不御驾亲征，诚恐兵将不肯尽心向前。”方腊道：“卿言极当！”
随即传下圣旨，命三省六部、御史台官、枢密院、都督府护驾，二营金吾、龙虎，大小官僚，“都跟随寡人御驾亲征，决此一战。”娄丞相又奏：“差何将帅，可做前部先锋？”方腊道：“着殿前金吾上将军内外诸军都招讨皇侄方杰为正先锋，马步亲军都太尉骠骑上将军杜微为副先锋，部领帮源洞大内护驾御林军一万三千，战将三千余员前进。”
原来娄敏中与方杰已经计议定下，先锋人马都安排心腹军将，只待事不可为时，便可杀出重围。方腊那里又差御林护驾都教师贺从龙，拨与御林军一万，总督兵马，去敌童贯军马。
再说童贯取了杭州，便号令宋军兵分两路，朝清溪县界而来，正迎着南国皇侄方杰。两下军兵，各列阵势。南军阵上，方杰横戟出马，杜微步行在后。
童贯挥军以雁形阵掩杀，方杰两个抵挡不住宋军重弩，败退而回，杜微却被乱箭射死。方杰引败兵退到半路，遇得方腊亲领大军到来，方才扎住阵脚。
童贯随后领兵赶至，只见南军在前面布阵完备，但见：金瓜密布，铁斧齐排。方天画戟成行，龙凤砅旗作队。旗旄旌节，一攒攒绿舞红飞；玉镫雕鞍，一簇簇珠围翠绕。飞龙伞散青云紫雾，飞虎旗盘瑞霭祥烟。左侍下一代文官，右侍下满排武将。虽是妄称天子位，也须伪列宰臣班。
见得南国阵中，只见九曲黄罗伞下，玉辔逍遥马上，坐着那个草头王子方腊。怎生打扮，但见：头戴一顶銶天转角明金啐头，身穿一领日月云肩九龙砅袍，腰系一条金镶宝嵌玲珑玉带，足穿一对双金显缝云根朝靴。
那方腊骑着一匹银鬃白马，出到阵前，亲自监战。童贯见了大喜过望，指着方腊仪仗谓诸将道：“贼首便在那里，只消杀得此贼，便可毕全功于一役，谁人能得方腊贼子首级，便官升sān_jí，赏赐万贯！”重赏之下，宋军士气大振，都摩拳擦掌，一声令下，宋军重步、连环甲马纷纷突出，一起掩袭而来，都要来杀方腊。