但儒家学说也有弊端，这是不可否认的。首先，太注重纲常礼教，等级观念太重了，压抑了人的个性和创造性。其次，过分注重人际关系，轻视对自然界的探索和改造。“述而不作，信而好古”，君不见，四大发明皆产生于中国，却只能在国外发扬光大？儒家学说还过分注重道德的作用，缺乏法治精神。长久以往，权力就慢慢酿成了一杯毒酒，而不是为百姓造福了。最为不可取的是把“中庸”上升为方fǎ_lùn，扭曲歪解了中庸之道，久而久之，在儒家学说的浸染之下，中华百姓渐渐形成了不敢闯，不敢拼，贪图安逸享乐的趋向。正史上，被这种思想催朽的，何止女真人、蒙古人？
要想从根源上摒除儒家学说的弊端，不是靠着器物发展就行的了，不是靠商业发展就行的了，这样只是治标不治本，没有什么大作用。权力可是堪比强硫、酸的物质，慢慢侵蚀之下，再庞大的帝国也会轰然倒塌。要想治本，就不能独尊儒术，诸子百家，百花齐放才行！