总司没有逃往江户，他就留在京都附近，和抚养他长大的他的父亲、他的兄长，永远告别了。他是从去年年底开始，病情突然恶化的。不久以后，就被送到乡下千太谷的植木屋平五郎家中静养，在这个山明水秀的地方，度过了一生的最后时光。
伏见·鸟羽战役，幕军全面溃败，而新撰组干部们惊世骇俗的剑术，也根本无法阻挡肩扛火枪的新政府军的前进步伐。最终，近藤勇在甲府战败后，弃械投降，于庆应四年（1868）四月，被判处斩首之刑。土方岁三率领新撰组残部北上虾夷地，于明治二年（1869）新政府军进攻五稜郭的时候，自杀性冲阵，被乱枪击毙。
近藤的死讯，在一个月后传到了总司的耳中。他回想自己的一生，他的一生都在为天然理心流而努力，为新撰组而战斗，为了他的父亲同时也是他的兄长——近藤和土方——得以驰骋于乱世中，而不懈地挥刀斩杀。现在，近藤死了，土方率领残部北上，也势不能持久，新撰组已经完成了它的历史使命，它应该终结了，那么自己的生命呢？自己生命的存在还有什么意义？
五月三十日，冲田总司房良在植木屋的家中，一个人静静地死去了。死后，他被追封为贤光院仁誉明道居士，葬在东京都的专称寺。