建安五年（200）孙策决定北上讨伐曹操势力，然而就在此刻，他在出游之际遭遇了许贡的刺客，重伤不治，最终一命呜呼。
另有孙策因为于吉而死的记载。
【许贡】
许贡因为孙策之死在多数人心中影响不好，而实际上他也的确不是一个好人，曾经试图迫害自己的上司盛宪，并且还杀害了周氏兄弟的周喁，本身就不是一个仁义之辈，后来孙策放过了他和严白虎一马，他却私自向朝廷密报，企图将孙策调离扬州。
许贡是名士许靖的好友，当初许靖为躲避董卓之乱逃到江东，就是许贡等人收留了他。后袁术进入扬州，击败了袁绍麾下的周氏三兄弟，其中的周喁在逃回会稽老家的途中，被许贡所杀害。
当时许贡的上司、任吴郡太守的是会稽人盛宪，许贡最初担任的是吴郡都尉，但后来盛宪因病离任，许贡就接替他成为了吴郡太守，而吴郡都尉的位置就给了朱治。
因为盛宪是因病离任的，许贡为了保住自己的地位于是开始迫害盛宪，这下吴郡名士高岱就看不下去了，于是他帮助盛宪躲藏到许贡部下许昭的家中。许贡为了对付高岱，就捉住了高岱的母亲，以此引出高岱准备加害之。最终高岱在朋友的帮助下机智逃脱。
之后孙策南下击败了扬州牧刘繇。许贡在由拳也被击溃，其后投靠了同在吴郡割据的山贼严白虎。不久后严白虎又被孙策击败，两人只得投奔在余杭的许昭。孙策说：“许昭有义於旧君（指盛宪），有诚於故友（指严白虎），此丈夫之志也。”因此没有继续对他们赶尽杀绝。
然而许贡并没有死心，也因此最终被孙策所杀。
【刺杀孙策】
孙策杀死心怀不满的许贡后，许贡的小儿子与门客逃亡隐居在长江边。后孙策决定率军北上，有次孙策单身匹马外出，猝然与许贡的门客相遇，门客击伤了他，孙策伤重，最终去世。
据《江表传》记载，当时的广陵太守陈登把治所设在射阳，他是陈哥哥的儿子，在孙策西征之际，陈登却暗中派出使者，绶峪严白虎的余党，阴谋作乱，以眜卢失败的耻辱。孙策回来之后，于是准备再次讨伐陈登，率军到了丹徒，等待粮草。然而孙策本人非常爱好打猎，于是就带了一些部下出去游猎，因为孙策本人所骑的是精骏，所以他的部下就在游猎中被甩在了后面。
当初原吴郡太守许贡向汉献帝上表：“孙策骁雄，与项籍相似，宜加贵宠，召还京邑。若被诏不得不还，若放於外必作世患。”企图让孙策离开江东，但许贡的奏章却被孙策得到了，于是孙策请来了他，当面对质，责问许贡，许贡就推辞自己没有干，孙策怎么可能信，遂让武士将其绞杀。
许贡死后，其门客潜藏在民间，寻机为他报仇。其中三人就在孙策游猎中出手，当时孙策问：“你们是什么人？”三人回答说：“我们是韩当的士兵，在这里射鹿。”孙策说：“韩当的士兵我全部认识，从没见过你们”。说完向其中一个射箭，那个人随着弓弦的声音而倒下。余下二人非常恐慌当即弯弓搭箭，向孙策射来。孙策在仓猝间，不及躲避，面颊中箭。这时，后面的扈从骑兵寻找到孙策，将刺客都杀死了。
据《吴历》记载，孙策受伤后医生告诉他，说这伤可以治，但应好好养护，一百天不能有剧烈活动，也不能动怒。孙策拿过镜子自照面目，对左右说：“脸成了这个样子，怎么还能建功立业！”奋起虎威，推几怒吼，创口迸裂。当夜死去。
在《九州春秋》上还有“闻曹公北征柳城，悉起江南之众，自号大司马，将北袭许，恃其勇，行不设备，故及於难”的记载，另外《傅子》中也有类似的记载，但曹操北征柳城是在官渡决战之后，该类记载明显不属实。
【道士于吉】
关于孙策的死因，还有一种说法，说他是因为杀死了道士于吉，受到诅咒而死。
于吉在历史上可能是《太平经》的作者也就是张角太平道教义的创始者。
在《江表传》和《搜神记》上都有关于于吉的记载，《江表传》中记载，于吉制作符水以治病，在江东名声大为流传，引起了孙策的不满，将其收押，之后孙策的母亲甚至亲自为其求情，孙策以为其妖妄而不应，后孙策麾下诸将亦为其求情，孙策遂以张津旧故为由将于吉处死。
但其中记载张津已死与其的死亡时间并不符。
《搜神记》中记载孙策准备渡江袭击许昌，和于吉同行，当时大旱，水路受堵，所以孙策就催促将士们早点过去，结果却发现大家都去找于吉，孙策因此被激怒，遂收押于吉，后要求于吉求雨，如果成功，孙策表示就会放了于吉，失败了就直接将其正法，结果大雨倾盆而至，将士们都认为孙策会放了于吉，孙策却反其道而行之，将于吉处死，其尸体被他人藏了起来，一夜过后，消失不见。
此后，孙策每次一独坐，都感到于吉好像就在左右，心中恼火。调治箭伤刚有起色，引镜自照，又见于吉立在镜中，回头看，不见于吉，如是再三。孙策摔破镜子，奋力大吼，伤口崩裂而死。
因为关于于吉的记载都过于玄幻，所以在后文关于孙策之死还是多以许贡门客刺杀为主。
当然除了这些之外，孙策也有可能是被曹魏集团密谋除去的，郭嘉在官渡时就算到孙策会死，有可能就已经参与其中，