孔融作为三国历史上的大儒之一，一心为国，因此和专权的曹操极为不对付，最终被曹操所杀害。&#
【参议朝政】
之前，太傅马日磾奉命出使山东，到了淮南时，多次有求于袁术，袁术于是轻视侮辱他，夺走他的符节，又不准他离开，还要强迫他任军师。马日磾忧愤自己至极，于是呕血而死。
等到马日磾遗体送回京师，朝廷想加以礼葬，孔融于是独自陈说：“马日磾凭上公的尊贵身份，持天子的髦节，奉命处理地方事务，安宁东夏，竟然取媚奸臣，被他所指使，所上章表署名补用，马日磾都是第一个。依附下级，欺骗朝廷，奸诈事君。从前国佐敌晋军，不为其折服，宜僚当着白晃晃的刀而面不改色。朝廷大臣难道可以受威胁为借口吗？而且袁术越级叛逆，不是一朝一夕的事，与日磾随从，周旋历年。《汉律》规定：与罪人往来三天以上，都应该知道他的情况。《春秋》说：鲁叔孙得臣死了，为了不张扬襄仲的罪贬，不写日子。郑讨伐幽公，砍薄子家的棺材，因为他杀君的缘故。陛下可怜旧臣，不忍追究定罪，已经很宽大了，不应该再加礼。”朝廷采纳了他的意见。
后来朝廷多次就肉刑之事进行讨论，钟繇等人支持恢复肉刑，孔融则坚决反对，肉刑之议最终不了了之。
当时，荆州牧刘表和曹操关系恶化，开始不向朝廷进贡，做了不少逾越法度不安本分的事情，并且还郊祀天地，礼仪拟指君主。朝廷下诏把他的行为宣示天下，孔融上疏认为应当隐瞒郊祀这件事，来维护朝廷的脸面。
建安年（200年），南阳王刘冯、东海王刘祗相继逝世，献帝哀痛他们早逝，想为他们规定四时祭祀，为此先询问孔融意见。孔融回答说：“陛下仁厚，感慨变化而增加思念，哀悼二王的魂灵发布哀怜的诏章，考查审度从前的典章制度，订正礼制。臣看前代梁怀王、临江愍王、齐哀王、临淮怀王都死而无后代，同胞兄弟，就是景帝、武帝、昭帝、明帝四帝，没有听说前朝为他们修祭祀。如果是临时的，就不要列入传纪。臣不懂事，认为他们都在幼小的年龄死去，陛下哀痛，以****礼加以谥号，这应遵照您的意思办理，祭祀结束，以后就不要再行。至于一年一期祭祀，不合礼意，又违背了先帝既定的法制，这是不合适的。”
【孔融之死】
孔融作为大汉的死忠分子，极为看不上挟天子而令诸侯的曹操，与其矛盾不断恶化，最终被其所杀。
先期孔融和祢衡关系非常好，甚至将其给曹操，但祢衡自认为有才，看不起曹操，并且还将其狠狠羞辱了一顿，曹操最终将其流放到荆州，祢衡最后被黄祖所杀。
在官渡之战时，孔融等人认为曹操不敌袁绍，被荀彧所驳斥。
后曹操进攻邺城屠杀邺城居民，袁绍家的妇人女子多被掳掠。曹操的儿子曹丕还继承了曹家人妻控的传统，私自娶了袁熙的妻子甄氏。孔融知道后写信给曹操，说：“武王伐纣，把妲己赏赐给周公。”曹操不明白，后来问孔融这出于何经何典。孔融答说：“按现在的事情量一量，想当然而已。”
建安十二年（207年），曹操北讨乌桓，孔融又讥笑他说：“大将军（曹操）远征，萧条海外，从前肃慎不进贡木苦矢，丁零偷盗苏武的牛羊，可以一并讨伐啊！”当时，饥荒战乱，曹操上表请禁酒，孔融多次写信给曹操，认为不要禁酒，而且言词之中多为傲慢无礼。
当时孔融已经看到曹操奸雄诡诈，已渐渐显露，愈发不能忍受，所以说话偏激，常常触犯了曹操。又曾经上奏认为应当遵照古时京师的体制，千里以内，不得封建诸侯。曹操怀疑他所谈论的越来越广，更加害怕他。然而，因为孔融名重天下，表面上装着容忍，暗中却嫉忌他正确的议论，怕阻抗自己的大业。山阳人郗虑揣摩曹操的心事，以蔑视国法为由奏免孔融。曹操又写信故意挑拨二人，孔融也回信相对。
曹操既积满了一肚子的猜疑忌妒，加上郗虑的诬陷，曹操于是指使丞相军谋祭酒路粹枉奏：“少府孔融，从前在北海，看见王室不安宁，招集徒众，图谋不轨，说：‘我大圣之后，被宋所灭。有天下的，何必一定是卯金刀。’后来与孙权的使者说话，诽谤朝廷。又孔融位在九卿，不遵守朝廷的礼仪，不戴帻微行，唐突宫掖。又以前与没有出仕的祢衡无所检点地乱说什么‘父亲与儿子，有什么亲？论其本意，实为****而已。儿子与母亲，又是怎么回事呢？譬如寄物缶瓦中，出来就分离了’。不久，与祢衡更相标榜，祢衡说孔融是‘仲尼不死’。孔融回答说：‘颜回再生。’大逆不道，应当予以重诛。”朝廷遂于建安十三年八月二十九日将孔融处死，并株连全家，孔融时年十岁。
据《世说新语》记载，孔融被逮捕时，朝廷内外非常惊恐。当时孔融的儿子大的九岁，小的八岁。两个儿子仍然在玩琢钉游戏，一点惶恐的样子都没有。孔融对使者说：“希望罪责仅限于自己一身，两个儿子可以保全性命吗?”他的儿子从容地进言说：“父亲难道见过倾覆的鸟巢下面还有完整不碎的鸟蛋吗？”不一会儿逮捕他们的差役也到了。
在《后汉书》则记载孔融是一子一女，儿子九岁，女儿七岁，其女儿在死前对哥哥说：“如果死者有知，得见父母，难道不是我们最大的愿望！”于是