在曹爽出兵伐蜀以及幽禁郭太后的事情上司马懿都反对过，可惜都无果而终，无可奈何的情况下司马懿只能称病回家，密谋打倒曹爽。
曹爽在后期已经准备谋逆，于是派李胜试探司马懿，司马懿轻易的将其忽悠，使得曹爽等人不再重视。正始十年（249）司马懿最终在曹爽三兄弟和曹芳一起祭扫魏明帝的坟墓高平陵时，在洛阳发动政变，一举将曹爽赶下台。
政变之后，司马懿成为了曹魏的实质主宰，他打压曹氏亲族，提拔自己的亲信，为日后司马家上台奠定了基础。
嘉平三年（251），淮南军事统帅王凌准备作乱，司马懿亲自南下一举平定叛乱，王凌自杀，事后司马懿不久就去世了。