太平天国的英雄们虽然举起了反帝反封建的旗帜，沉重地打击了清王朝的统治，但其本身固有的农民阶级局限性也在取得阶段性胜利后暴露无遗。在其内部，尤其是高层领导集团中，争权夺利、竞相腐化之风迅速蔓延，无情地侵蚀着太平天国的躯体。
聚也上帝教，离也上帝教——宗教对太平天国的巨大影响
“宗教是被压迫生灵的叹息，是无情世界的感情”。天王洪秀全一面用“有田同耕，有饭同食，无处不均匀，无处不饱暖”的人间天国理想来动员民众；另一方面又用“肯拜上帝者，无灾无难；不拜上帝者，蛇虎伤人”等避邪享乐的宗教理论来鼓惑民心。
洪秀全于武宣登极或永安建制之后，如果能仿效明太祖朱元璋，及时取消上帝教，将大权集于一身，矫正神权与皇权交叉矛盾的政权体制，也许可避免后来发生的许多悲剧。但洪秀全陷于宗教的泥潭中不能自拔。他不仅将所谓天父、天兄下凡显示的“无数神迹全能凭据”刻为诏书，广泛印发，而且将太平军血战所取得的胜利均归于“托赖天父天兄之全能”；并扬言“今日天父天兄作事，欲使妖魔生即生，欲使妖魔死即死，略显全能，即可扫荡妖氛，四海升平”，全然不顾人力之所为。
定都天京后，《天朝田亩制度》中进一步规定：凡25家设一礼拜堂，所有婚娶吉喜等事均要祭告上帝，25家子女俱日至礼拜堂，由两司马教读《旧遗诏圣书》、《新遗诏圣书》等，凡礼拜日，伍长各率男妇至礼拜堂，分别男行女行，听讲道理，诵祭上帝。除七日礼拜上帝之外，太平军还于每日早晚拜上帝，每日饭前谢上帝。同时，对上帝教以外的意识形态，包括诸子百家之书一律排斥，“如有敢念诵教习者，一概皆斩”。另外，每年开科取士的题目亦以圣经为主，应试者对于圣经知识的多少，作为获选与否和任职高下的标准。这种政教合一的组织系统与遍及各阶层的宗教教育，将上帝教教条与政治法律和文化教育融为一体，使整个太平军的思想完全被宗教迷信所禁锢，每一名天国士兵均是上帝教的忠实信徒。所以当时的外国官员记载说：太平军“很注重虔诚和献身精神，在遵守宗教礼节和仪式方面，他们是很规矩的，甚至是狂热”。但宗教毕竟是颠倒了的世界，继天父三子冯天山、天兄代言人萧朝贵先后中炮阵亡，天父的代言人杨秀清又死于内讧之中。于是，上帝无所不能的神话便在太平军中彻底动摇了。当时天京城里的民谣曰：“天父杀天兄，江山打不通，长毛非正主，依旧让咸丰”。
太平天国后期，洪秀全反复强调君权神授，并不断自我神化。1863年12月下旬，曾国藩的湘军已把天京团团围困，在天国形势万分危机之时，李秀成提出“让城别走”，洪秀全竟斥责说：“朕奉上帝圣旨、天兄耶稣圣旨下凡，作天下万国独一真主，何惧之有？朕铁桶江山，尔不扶，有人扶，尔说无兵，朕之天兵多过于水，何惧曾妖者乎？”但天父上帝是救不了太平天国的。1864年7月19日，天京陷落。先期病故的洪秀全遗体被湘军从天王府中掘出，举火焚之。上帝的神话从此便与天王府七日不熄的大火，一起化作了灰烬。
得人则昌，失人则亡——洪秀全的孤家寡人政策
“存亡在于得人”，这是汉代刘向的一句名言。在得人与用人方面，洪秀全采取的是孤家寡人政策，远远比不上与他刀兵相见的湘军首领曾国藩。在上帝教的小家庭里，不仅有全能的天父天兄，就连洪秀全、杨秀清、萧朝贵等人也都是上帝遣派到人间的“神”。所以他们并不需要凡身肉胎的才华和智慧，“凡有攻仗，皆有天助神奇”，“实是天父早已排定，故战无不胜，攻无不克”。但实际上洪秀全等人也明白，要建设地上的天国，必须有大批的人才。所以他们也曾竭力搜罗知识分子，或开科取士，或设榜招贤。然上帝教所推行的反孔政策及“佛寺道院，城隍社坛，无庙不焚，无像不灭”的过激行为，致使大部分知识分子退避三舍。同时，对进入太平军中的文化人，洪秀全等人也是只利用而不重用。史载：“贼掳我官吏绅衿读书有心计人，或挫折以死，或分为各馆充当书手，号曰先后，所办无非写奏章、诰谕、封条、出告示、造家册、兵册等事，一切军令盖不与闻，盖防有用之才之算己也。”故李秀成被俘后，在被问及官兵与太平军某事好、某事不好时说：官兵多用读书人，而太平军中无读书人。其实，太平军中也并非没有文武兼备的人才，如翼王石达开、忠王李秀成等都是令清军望而生畏的人物，但他们并没有得到洪秀全十分的重用。
同时，按照上帝教的规定，凡是拜上帝者皆为天父子女，不拜上帝者为妖徒鬼卒，均在斩杀之列。这样以顺逆、人妖来划分敌我，又严重地扩大了打击面。同样，狭隘的宗教信条还使太平军失去了很多的盟友和同盟军。如