得知王岚平反叛的消息，朱由崧大为吃惊，他怎么都想象不到得皇恩甚重的定南候能做出如此忘恩负义的事，朱由崧还指望他为自己的辛福生活看家护院呢，现在还有谁能信任，惊骇之下六神无主。
再听说王岚平只是绕过内阁私自改编京营守备军，并没有率军攻打南京，这才松了一口气，那这样看来还不是谋反那，再说王岚平已经大权握，贵为定南候，他没理由挺而走险，凭区区刚刚改编人心浮动的五万人能有什么做为，可朱由崧架不住马士英的连吓带哄，脑子里一团糨糊。
马士英忙将自己的‘保驾护主‘的计划说了出来，首先立即下密旨调江北四镇中的高杰与刘泽清两镇大军至南京外围集结，防范王岚平的叛军，另立即派应天巡抚左懋第北上与满虏和议，使江北两镇撤出防区时不趁机南下侵明，等两镇大军到后，再派人调王岚平进南京，在他入城时趁机杀之，与后马上选派一人接任南京守备提督一职，则大事可定，人选便是现任南京城防副将马明，也就是马士英之子。
一听到这，朱由崧明白了，纵使王岚平真的谋反，除掉后，皇帝也会完全落入马家的掌控之中，可此时的朱由崧没得选择，马明控制了南京城防和内苑，自己的生死之是马士英一句话而已，万般无奈下，朱由崧一一照准，在马士英拟好的圣旨上加盖玉玺。
第二天，左懋第心不甘情不愿带着马士英的和谈条件以及三十万两白银在马士英派人押送监督下，从南京渡口入运河北上，去北京找多尔衮和议。
另外修建新宫的政令也开始具体实施，督造官自然还是马士英安排的，两千万两的营造款，如此肥缺他哪能假手他人，反正是打着皇帝的旗号，再怎么以权谋私那也是皇帝背黑锅。
当兵部尚书史可法闻听如此种种后，是驳然大怒，别说一年之内能否营造好新宫，单是这两千万两的费用就匪疑所思，按现在户部的预算，朝廷一年的财政收入一共才八百万两，这钱还得支付江北四镇每年六百万两的军费，大小京官的俸禄，以及赈济各地不时发生的灾情，还有提供皇宫内苑的巨额开支，这已经是入不敷出的赤字财政，造新宫的钱从哪来？
史可法一连上了几道奏疏澄明厉害，但几天过去了，事沉大海，更可气的是他现在连皇上的面都见不到，朝廷大事完全掌控在内阁。
马士英为了完全控制内阁，大力启用当年魏忠贤倒台后失势的阉党，其中最有名的便是阮大诚，此时已经以兵部尚书的身份入职内阁。
内阁中的东林党份子和不愿与马士英同流合污的官员一一替换掉，史可法被调任去扬州坐镇，督师江北四镇，史可法自知大势已去，悲愤欲绝，在第二天就要离京就职的这天晚上，突然有一帮被马士英打压过的众东林党群官们上来到了史宅，为首者是礼部尚书钱谦益。
史可法知道他们的来意，吩咐家人关紧府门，不准任何人来打扰，他领着众人来到史宅最里面的一间小房子。
小屋内十几个人围桌而坐，但谁也没有开口，屋内静得都能听到烛火噼里啪啦燃烧的声音，也不时不知从何人嘴里传出来的叹息声，大家的脸上都浮现出几乎相同的表情，苦大愁深。
眼见阉党再度得势，东林党纷纷被驱逐出朝堂，这让他们如何不苦不愁，现在连唯一一个能替他们说得上话的史可法都被贬出京，东林党想再度掌权的希望越发渺茫。
史可法虽然不屑于党争，但他是天启朝东林党魁首左光斗的学生，想远离这种党争是非不太可能。
现在的东林党以礼部尚书钱谦益为首，他率先打破了沉默。
钱谦益年过六十，不过家中富足，保养的如同五十岁刚出头，他轻咳几声道，“诸位都说说吧，再不说今后可就没机会了”
众人相视，户部给事中田方突然变得激动起来，只见他一拍桌子，义愤填膺的道，“俩位阁老，各位同仁，你们也都看到了，当初我们就应该坚持让桂王监国，也就不会落得今天这般被动，福王这叫什么，反攻倒算，给他爹报仇呢”
当年东林党为了阻止万历皇帝立朱由崧之父老福王为太子，硬是和万历皇帝打了二十年擂台，并最终获胜，所以在崇祯死后立谁为帝这事上，众东林党怕一旦小福王登基，可能会报当年的一箭之仇，于是他们宁愿舍近求远，坚持让远在广西避难的桂王监国，且不说广西离南京山高水远，他还是崇祯的叔叔，‘侄终叔继’太荒唐，但东林党群雄们不管。
而南京城里还有官员一致坚持立福王，理由是福王近在淮安，且是崇祯皇帝的堂兄，血缘近，‘弟终兄继’总好听过‘侄终叔继’，两边闹得不可开交，最后大家都把目光投向了当时的百官之首，史可法，史阁部为了平息风波，竟然一边也不帮，别出新裁要改立潞王，可就在这时候，马士英带三镇总兵进南京，一锤定音，立福王，东林党失势，史可法这‘两面派’坐了冷板凳。
见田方越说越离谱，史可法敲了敲桌子，“田大人，慎言，再怎么说福王已经登基，作为臣子背地里岂能诽谤君父”
钱谦益接口道，“君父不贤，臣子更应该多进忠言相劝，如今，史大人，您放眼看看这满朝文武，哪里还有我们东林党的立足之地，皇上只听信于马士英这帮阉党及其走狗阮大诚、刘泽清之流，这是偏听，先贤有云