阿古柏在清军节节获胜时，在库尔勒服毒自尽。他的儿子海古拉于携尸西窜的路上，被其胞兄伯克胡里设伏兵击杀。伯克胡里在清军收复喀什噶尔前夕率残部逃回已被沙俄占领的浩罕。
阿古柏匪徒在后方巢穴中的一些英国、土耳其教官和工匠，一夜之间成了俘虏。他们惊叹清军行动的神速，称刘锦棠为“飞将军”。随着西征军的节节胜利，刘锦棠先后获得了骑都尉世职、赏戴双眼花翎、三品京卿候补。后来又由骑都尉晋升为二等男爵、补太常寺卿、转通政使司通政使。1878年左宗棠奉诏还京时，被清廷命为署理钦差大臣、督办新疆军务。
刘锦棠从喀什噶尔赶回哈密，接受新的职务。由于收复新疆的战役的结束，刘锦棠一生的戎马生涯也告结束了。不久，通过外交谈判，清政府割让霍尔果斯河以西地区给沙俄，俄兵退出伊犁九城。新疆的一系列善后工作，直到新疆建省等，都责无旁贷地落到了刘锦棠的身上。这一年，他还不到35岁。
收复新疆之役，从1876年8月开始，到1878年1月结束，前后只经了一年半的时间，饱受蹂躏之苦的新疆各族人民积极支援和配合清军作战，轮台、库车、拜城、阿克苏、乌什、阿合奇等地的维吾尔、柯尔克孜族人民，更是奋起驱逐敌寇，据城而迎清军。
所以，这次收复新疆之战出乎意料地顺利迅捷。其根本原因固然是由于这一战争的正义性，而刘锦棠信任并善于利用维吾尔等族人民提供的情报，善于分化瓦解敌人营垒，善于捕捉战机、及时调整军事部署，也是一些重要因素。
1873年10月底，刘锦棠又奉命率5营人马参加攻打肃州（今甘肃酒泉）。他利用义军降将喊话诱降，守城义军首领马文禄于11月4日开城缴械。左宗棠数部将镇压陕甘回民起义军的战功，将刘锦棠排居第一。清廷依此擢升他署甘肃西宁道。
左宗棠收复新疆1875年，中亚地区浩罕汗国的军事头目阿古柏，乘新疆动乱之机，率兵侵入天山南北，在英、俄两国的支持下，建立了所谓“哲德沙尔汗国”的殖民统治。1871年，沙俄又直接出兵强占了伊犁地区。
1873年，原陕西回民起义军首领白彦虎叛国，率部投靠了阿古柏。面对外敌入侵和李鸿章等重臣主张放弃新疆的严峻形势，刘锦棠以鲜明的爱国主义立场，坚决支持左宗棠收复新疆的主张。
从1875年（光绪元年）春开始，刘锦棠驻扎凉州（今武威），积极整军备战，将55营老湘军精简成25营，并结合新疆的敌情与地理特点，进行了一年多的作战训练，为收复新疆准备了一支劲旅。1875年5月3日，清廷任命左宗棠为钦差大臣，督办新疆军务。
左宗棠于9月24日向清廷推荐他认为“英锐果敏、才气无双、志虑忠纯”的刘锦棠为前敌指挥，总理行营事务，很快得到了清廷的批准。
萌总裁认为，甚至从刘锦棠驱逐阿古柏的角度来说，说刘锦棠是民族英雄都不过分。
清廷，也是出了很多民族英雄的。
萌总裁叹口气。
洁格格靠在萌总裁的身边，“总裁有这份爱惜敌人的心思，我已经很开心了，不要想了，让下面人自己去办吧？”
萌总裁叹口气，“他们对国家有功哇！李鸿章呢？李鸿章的病情有好转吗？”([m.2345xs.cc 2345小说网]。。)