自从攻占南京以来，每天都有很多的勋贵后人，士绅名流，或者来直接求见任思齐，或者打通关节求见，所求目的不外乎归还宅院田产，恢复他们往日高高在上的地位。最可笑的竟然有几个姓徐的，自称是魏国公徐达的后人，投降满清的魏国公徐久爵的族亲，竟然想让任思齐搬出大都督府，把往日的魏国公府归还给他们。
以侯方域等人的才子名流也上串下跳，攻击越国公任思齐霸占士绅产业的恶劣行径。
三月五日，任思齐断然下令，命令内卫开始满城搜捕，捉拿曾经投降满清的汉奸。在南京陷落时，以赵之龙徐久爵为首的勋贵和钱谦益为首的大臣，没有抵抗直接献城而降。基本上所有的勋贵和官员们都降了满清，这些人中，像赵之龙钱谦益之流被弄到了北京委以一定的官职，可是投降满清的实在太多剩下的还有许多人还呆在南京，并没有得到满清的任用。
当任思齐打下南京之时，这批人惶恐了一段时日，生怕任思齐会清算他们投降的行径，可是半个月过去，见没有人提起这茬，胆子便大了起来，竟然想试图恢复其昔日的地位来。
随着任思齐的一声令下，数以百计的内卫士兵出动起来，开始了满城搜捕，无数的前勋贵官员士绅尖叫着被抓了起来。
“混蛋，你们知道我是什么人吗？我爹是隆平侯张拱日，我家可是与国同休的勋贵！”一个人大喊大叫着，没想到昔日最看不上的兵痞竟敢来抓自己。
“知道你爹是隆平侯张拱日，是投降满清的叛逆，你一个叛逆之子，还嚣张个什么？”前来抓捕的官兵冷笑着，不由分说就是一阵拳打脚踢。
大搜捕一连进行了三日，抓捕了不下三千余人，南京的监狱都塞不下了，不得不紧急扩建监狱。
一场大抓捕引得南京大惊，无数的人惶恐不安，生怕如狼似虎的官兵冲进自己的家门，在南京沦陷之时，投降的人又岂止那些？
可是任思齐对普通人根本没有兴趣，他抓的只是那些昔日的名流上层，拥有大量房产田地占据统治地位之人。
三日来，无数的人前来拜访陈子龙，让他劝说任思齐对这些人网开一面，按照任思齐的这种抓法，南京的士绅官员名流哪个能幸免？
陈子龙赶到大都督府，劝说任思齐不要牵连过广，当日南京沦陷时，很多士绅只是迫于无奈的投降。
“投降满清即为叛逆，对叛国者岂能网开一面？自然要以国fǎ_lùn处，放心，我抓只抓有官职功名爵位之人，对普通的差役百姓不会去理会。”任思齐断然拒绝道。
“可是，你把这些人都抓了，南京还有士绅名流吗，恐怕到时人心尽失啊！”陈子龙苦口婆心的劝道，虽然他也知道那些人罪有应得，不耻他们的为人，可是其中很多人都是很昔日朋友故旧，和自己牵连甚广，不得不救。
“人心？人心乃百姓之人心，这些投降满清的叛逆还代表不了百姓，代表不了人心。”任思齐冷笑着说，一口一个叛逆把陈子龙堵得没有话说。
三月十日，任思齐任命宋立本为提刑官，负责审理叛逆案。当日南京沦陷之日，无数的勋贵大臣带头请降看在了满城百姓的眼里，其罪名不容抵赖。宋立本也没有仔细审理，统统以叛国之名进行论罪。叛国等同于谋反，属于十恶不赦的大罪，按照大明律应该除以凌迟，株连三族。越国公任思齐仁慈，下令只论首逆，不进行牵连，改凌迟为斩刑。所有降清之人，家中男子一律斩首，女子发配教坊司为奴，所有家产田地一律充公。
三月十五日，南京外城钟山之下，在钟山和玄武湖之间的空地开辟了大型的刑场，三千多个叛国的罪犯被押解刑场，每人背后跟着一个怀抱钢刀的刽子手。南京官府的刽子手人数太少，绝大部分都是由军中士兵充任。
数以万计的南京百姓涌到刑场，观看这场史无前例的浩大斩刑。
午时三刻，随着监斩的宋立本一声令下，负责行刑的士兵挥起手中的钢刀，人头滚滚而落，无数的百姓惊骇的面无人色，也有无数的人高声叫好。
这些被杀的人昔日都是高高再上的贵人，看到他们人头落地，很多普通的百姓心中说不出的痛快。痛快之余，心中不由得生出阵阵寒意，从此对任思齐对崇明军心中再不敢有半点不敬。
“屠夫，屠夫！”看着跪在面前嚎啕大哭的侯方域等人，陈子龙勃然大怒，摔碎了手中的茶盏。在这次屠杀中，无数的复社名士死在任思齐之手，让陈子龙心痛不已。
“卧子公，任思齐叛逆之心昭然若揭，他一个越国公又何资格进行刑法？他，他分明要做大明的曹操啊！”侯方域跪在地上大叫道。
陈子龙痛苦的闭上了眼睛，他一开始投靠崇明之时，看重的是崇明军的实力，把为国浴血奋战的任思齐视为国之干城。没想到才打下南京，任思齐竟然做出如此丧心病狂之举。他，他绝非拯救大明的良臣，而是霍乱天下的独夫！
道不同不相为谋！陈子龙毅然决然的向任思齐递交了辞呈，带着侯方域等人去往福建投靠隆武帝去了。
对陈子龙的离开，任思齐心中无比的惋惜，陈子龙是个不可多得的人才，可惜不能为我用！
张煌言面色沉静的观看着行刑，对这些叛国投敌的败类，他心中没有一点儿的同情。可是一次行刑即斩杀了三千多人，让他对任思齐的很辣非