在邱处机的‘立观度人‘的号召下，大约经过三十余年的经营，全真道的宫观、弟子遍布于河北、河南、山东、山西、陕西、甘肃等广大地区。《清虚宫重显子返真碑铭》称：
‘东尽海，南薄汉淮，西北历广漠，虽十庐之聚，必有香火一席之奉。‘《修武清真观记》称：自‘邱往赴龙廷之召，……
自是而后，黄冠之人，十分天下之二。声焰隆盛，鼓动海岳。‘
1228年安葬邱处机，和1241年会葬王嚞，可说是对全真道力量的一次大检阅。据载，安葬邱处机时，‘四方来会之道俗逾万人，至有司卫之以甲兵‘。⒂会葬王嚞时，‘时陕右虽甫定，犹为边鄙重地，经理及会葬者，四方道俗云集，常数万人‘。⒃不仅如此，据《尹宗师碑铭》记载，当尹志平于1236年，去陕西营建祖庭时，‘时陕右甫定，遗民犹有保栅未下者，闻师至，相先归附，师为抚慰，皆按堵如故‘。不久，在去云中化度道士的返回途中，‘道经太行山，群盗罗拜受教，悉为良民。出井陉，历赵魏齐鲁，请命者皆谢遣。原野道路设香花，望尘迎拜者，日千万计，贡物山集。‘这些描写，难免夸大，但全真道及其首领在群众中影响很大，当是事实。
尽管尹志平利用宗教的号召力，为元统治者效劳，但因其影响过大，却引起元统治者的猜忌。因此在元宪宗时期的佛、道‘化胡经‘之争中，元统治者持明显的袒佛立场，使全真道在（宪宗八年和至元十八年）佛道大辩论中两次败北，予全真道以沉重的打击。全真道发展的鼎盛局面，亦随之宣告结束。
南北归宗时期
自元宪宗八年（1258），全真道在《化胡经》斗争中失败以后，处境十分困难，教徒的发展受到限制，斋醮被禁止举行。中经张志敬、王志坦、祁志诚、张志仙四人相继掌教，一直处于发展的低谷。直至成宗即位后的元贞元年（1295），始宣布大弛禁：‘梗其道者（指权臣相哥）除之，取其业者（被僧人侵占的宫观）还之‘。⒄方使全真道从艰难处境中解脱出来。
全真道的发展尽管有低谷，但并没有停滞。特别值得指出的是，元朝实现了南北统一，为原在北方的全真道提供了南传的条件，当然也为原在南方的道教南宗提供了北上的机会。据现在所知，最早进入黄河以南传道的全真道士是吉志通，他是陕西郃阳人。‘师乔潜道及潘清容。博学多闻。后居武当山，十年不火食。‘于中统甲子（1264）逝世。⒅乔潜道是马钰弟子，吉志通即是马钰之再传。推其居武当山的时间，当在元宪宗时。比吉志通稍晚，武当山又有鲁大宥和汪真常相继成为全真道士，此后全真弟子日众，武当山遂成为全真道的重要据点。继武当山之后，全真道继续南传至苏、浙、闽、赣等地区，如居江苏仪征的李道纯（或谓居凤阳盱眙），居浙江杭州的徐弘道、丁野鹤、黄公望，居浙江黄岩委羽山的赵与庆，活动于江西、福建一带的金志扬、桂心渊，以及活动于江西、浙江、福建一带的李珏至陈致虚一系等。他们大多是南宗道士而加入全真道者。
全真道的南传，使原来互相隔绝、但却同源于钟吕金丹派的南、北二宗（南宗与全真道）增加了接触的机会。由此经过接触，彼此认同，逐渐产生了合为一宗的要求，特别是组织松散、势力弱小的南宗更有会归全真道的愿望。为了使二宗合为一宗，必须对二宗原来各自尊祀的祖师传系作必要的调整，使之合为一个双方都能接受的祖师系统，以便合宗后共同崇祀。这是二宗合并必不可少的工作。在这过程中，陈致虚是积极的推动者