1941年11月，离太平洋战争爆发还有几个星期，北京协和医学院的工作人员担心日本会把这个稀世珍宝抢走，打算将化石转移到美国史密斯学会，等抗战胜利后再运回来。他们将化石细心地包装好之后，放在了9个铁制的弹药箱里，这些箱子交给了美国海军中尉福利。
福利当时享有外交豁免权，这些箱子可以当作他的私人财产带走。但福利还未离开中国，珍珠港事件就爆发了。为保护化石，他随身携带箱子，四个半星期之后，一位日本军官抢夺他的箱子。福利作为战俘劳工在三菱公司的矿井中工作了三年半，战后他向朋友们讲述了这件事情。
通过金百合计划，日本在东南亚各国掠夺的财富都经马尼拉运到东京。而股票、证券、持金证书等非物质财富被送到横滨正金银行和日本银行，然后再转移到日本人在中立国银行开设的帐户上。日本将掠夺的金浇铸为符合国际标准的金块，再存入中立国银行。
当时横滨正金银行最大持股人就是裕仁天皇，他拥有22％的股票。战争结束时，裕仁已拥有资产1亿美元，这相当于今天的10亿美元，这笔巨额资产以黄金和外国货币的形式存在瑞士、南美、葡萄牙、西班牙和凡蒂冈的银行里。
在南京成为废墟时，中国珍贵藏书、文件等还被日军严密保护。后来曾有1000多名日本专家来到南京，为日本皇家图书馆优先挑选最珍贵的物品，天皇曾亲自过目最珍贵物品的目录。
选中的物品都被编号和打包，用300多辆卡车把这些箱子运往上海，然后装船。这些书的一部分被用来建立位于东京的东亚研究所、东方文化研究所、东亚经济研究所、东亚地方病研究所、大东亚图书馆等。
战后美国经过调查后确认，日本至少有17处地方存放这些战时抢来的书籍，其中有日本皇宫、皇室内宫、靖国神社、东京科学博物馆、东京美术学院、早稻田大学、东京帝国大学和庆应大学。美国占领当局的结论是，日本有300万册从中国各地图书馆抢来的珍贵图书和手稿。日本仅归还了大约16万册，不足6％。