在巡洋舰方面，台湾海峡之战，人民军海军共损失了5艘防护巡洋舰，分别是隶属第一巡洋舰分舰队的经海号、略海号、海塔号，第三巡洋舰分舰队的海帕号、海石号，因此将这两支巡洋舰分舰队剩下的5艘防护巡洋舰海弥号、海莎号、海科号、海狄号、海诺号合并为第一巡洋舰分舰队，参加进攻爪哇作战。
而驱逐舰分舰队，则是将第一驱逐舰分舰队剩下的江林号、第二驱逐舰分舰队剩下的河龙号并入到第三驱逐舰分舰队，和高密号、安丘号、诸城号一起出战。
带队的则是现代军舰岳阳舰，指挥官自然还是王海龙。甴于这次是进攻爪哇，需要进行登陆作战，因此又从日本的海军陆战队中抽调了一个团，并从陆军选取了2个团随行，这样一来同行的运输舰达到18艘，另外还有3艘登陆舰。
同时海军部又向爪哇华侨的领头人张辰勋提出，希望从爪哇华侨中选一批人，随舰队一起出行，因为这次无论荷兰是否按受华东政府的条件，人民军都是要上岸的，因此也需要爪哇华侨的帮助。
这时离爪哇撤侨过去还不到两个月，华东政府立即展开了对爪哇的反击，当然撤到山东的爪哇华侨也都惊喜交加，没想到这么快，而张辰勋也庆幸不己，自己这一宝果然是押对了，而将来的收益可是无穷啊。对海军部提出的要求，张辰勋当然全力协助，立刻就组织了400余人，其中有300余人都是原来华人护卫队的成员，并提供3艘客船，随舰队出征。
这样进攻爪哇的混编舰队，共计各种舰船达到了39艘，人数约2万6千余人。
除此之外，接下来就是拦截英法两国商船，这也是很重要的工作，表明华东政府并非嘴上说说。经过海军作战部的研究，拦截将分为两个海域，即太平洋海域和印度洋海域，其中以太平洋海域为主，将由第六巡洋舰分舰队、第四驱逐舰分舰队组成，并分散为一艘巡洋舰带一艘驱逐舰的模式，第四巡洋舰分舰队，和新组建的第三驱逐舰分舰队作为轮换。
印度洋海域虽然只是辅助，主要是考虑了英国在印度洋有大量的殖民利益，在印度洋上拦截英国商船，能够给英国施加更大的压力，而且这也是人民军海军第一次在印度洋执行作战任务，可以顺带勘测、观察印度洋的水文、气候等重要参数。
而负责在印度洋海域拦截英法两国商船的是由襄阳舰带队，装甲巡洋舰赤兔号、绝影号、防护巡洋舰青州号、沂州号，这几艘军舰的特点是速度较快，即使是赤兔号、绝影号，航速也达到22节，作为装甲巡洋舰这个速度相当可观，其次是都有较强的战斗力，只要不是遇到战列舰，对其他军舰均有一战之力，因为英国在印度洋海域的战斗力并没有损失，因此人民军的军舰遇到战列舰可以靠速度摆脫，但遇到快速的军舰，那就难免会遭遇战斗，需要有战斗力做保障。
还有一支舰队是协助日本，这就相对简单，因为人民军海军在日本海域还有4艘老式铁甲舰和4艘大型防护巡洋舰，派出的是战列舰瞭洋号、远洋号，装甲巡洋舰巴海号、进海号，以及现代军舰怀化舰。
最后还有现代军舰昆明舰、三亚舰，战列舰干将号、莫邪号，装甲巡洋舰济南号、天津号，第五巡洋舰分舰队留守上海，做为预备舰队，以防紧急情况发生。