韦昌辉也很快来见天王，要求洪秀全下旨杀叛逆石达开：“翼王也谋逆！”
洪秀全不傻，一边是杀红眼了的北王部在城内，一边是城外石达开部一万人。他便选了一个折中的方案，以“反顾偏心罪”下诏通缉石达开。
洪秀全心想，假如石达开真的被谁取了首级来领赏，自己就可把杀石达开的责任和杀杨秀清的责任一样推给韦昌辉，说自己是在韦昌辉的胁迫下下旨杀石达开的。那么石达开的“英灵”将为他顺理成章地诛杀韦昌辉作最后一次贡献。到时候，只要表现自己不忘功臣功绩，把自己的某个儿子过继给石达开，再弄个“翼升节”什么的。于是乎，大家都会说天王英明，翼王可惜，最后的赢家还是自己。
石达开出城后，手握一万兵马，愤怒地要求洪秀全诛杀韦昌辉以谢国人，可洪秀全拒绝了他的要求。与此同时，以“反顾偏心罪”悬赏捉拿石达开的天王诏旨却传遍天国各地。
洪秀全对付石达开与诛灭杨秀清的手段如出一辙——他想利用自己的圣旨加上韦昌辉的势力，一举除去石达开的威胁。
然而，石达开在天国军民中的极高威望，是洪秀全没料到的：石达开军功高：1851年金田起义时，石达开率众四千余人赴金田团营，战斗中屡立战功，被封为太平军左军主将、永安封王时受封为翼王五千岁。在太平天国首义诸王中，石达开年纪最轻，也最具军事才能，太平军从广西向金陵进军，途经湖南、湖北、江西、安徽、江苏等省，石达开均为开路先锋，攻城夺镇，所向无敌。尤其是1852年西王萧朝贵在湖南长沙阵亡后，太平军在长沙城下陷入清军反包围，形势万分危急，石达开率部西渡湘江，开辟河西基地，缓解了太平军的缺粮之危，又多次击败进犯之敌，取得“水陆洲大捷”，重挫清军士气，其后，为全军先导，经河西安全撤军，跳出反包围圈，夺岳阳，占武汉，自武昌东下金陵，二十八天挺进一千二百里，战无不胜，攻无不克，令清军闻风丧胆，号之曰“石敢当”。
1854年夏秋，太平军在西征战场遭遇湘军的凶狠反扑，节节败退，失地千里。石达开看出两军之差距在于水师，便命人仿照湘军的船式来造舰，加紧操练水师。在湘军兵锋直逼九江的危急时刻，石达开再度出任西征军主帅，亲赴前敌指挥，在湖口、九江大败湘军，湘军水师溃不成军，气得湘军主帅曾国藩要投水自尽。石达开被调回天京参加解围战，又大破江南大营，解除了清军对天京三年的包围。
并且定都之后，诸王广选美女，为修王府而毁民宅，据国库财富为己有，唯石达开洁身自好，从不参与，品质非常之难能可贵。
另外，石达开展现出了超人的政治才能。1853年秋，石达开奉命出镇安庆。过去，太平天国没有基层政府，地方行政一片空白，石达开到安徽后，很快组织各地人民登记户口，选举基层官吏，又开科举试，招揽人才，建立起省、郡、县sān_jí地方行政体系，使太平天国真正具备了国家的规模；与此同时，整肃军纪，恢复治安，赈济贫困，慰问疾苦，使士农工商各安其业，并制定税法，征收税赋，为太平天国的政治、军事活动提供所需物资。
当天王洪秀全下令捉拿石达开时，他给自己留了一条后路，暗中派人四处散布消息，说这圣旨是韦昌辉逼迫天王下的。
于是，天国举国军民拿着捉拿悬赏石达开的圣旨当草纸，以为天王也是受了北王的蒙蔽。太平军各地的高级军队将领，比如陈玉成，李秀成也纷纷表态支持翼王石达开。
就在这时，清军进攻宁国，陈玉成部十分危急，石达开以大局为重，先去退清兵，他的威望在天国达到最高点。
而也就在石达开率部赶赴宁国援助陈玉成部的前后，石达开再次向天王洪秀全发出通牒，再次公开要求天王杀韦昌辉这个刽子手，以顺民心，并称如若不然，将提靖难之师打回天京以清君侧。