到2月20日，群岛军区才完全占领巴布亚岛，仅仅比与荷兰签订和平协议早2天，这让房良和韩信心惊了好几天，要是再晚2天占领查亚普拉的话，战功就逊色一半了。
张伟接到他们的战报以后，知道他们条件特殊，并没有责怪他们，而是给他们的回电，要求尽快清缴海盗，占领的每一片领土上，都不允许有其他不受控制的武装势力存在。
房良与李江商量后，决定在安汶留1分舰队外，其他的6个分舰队都要派出去，在自己所辖范围内全力清缴海盗。
到2月15日，建立的海盗军已经到达960人，全部是华人，这些人原来华人，有些在大陆上的时候是渔民，生活不下去了才做海盗的；有些是在南洋生活了几辈的华人，被荷兰人逼迫才加入海盗；有些是从越南、菲律宾等地转移来的海盗。
对身体不适合继续当海盗的华人，都被秘密安置在不同地区，给他们分发了土地和房屋，以及基本的生活物资，帮助他们尽快成家，以后就安稳的生活，做个普通人。
海盗军直接归群岛军区参谋部管辖。
现在这些海盗都被集中在万鸦老市进行简单的军事训练，接受训练时间最长的都超过1个月了。他们原来就有很好的底子，否则也不会在残酷的海盗组织中生存下来，现在有了良好的生活条件，再加上营养搭配均衡的饮食和科学合理的训练，使这些海盗成员，在很短的时间内就有了质的改变，身体素质更好了。原来身体有疾病的也都得到良好的治疗。
现在有营地的厨师专门给他们制作伙食，每日三餐，营养丰富，早上有鸡蛋、稀粥、小咸菜、大饼、油条等，随便吃，吃饱为原则，但是不能浪费；中午有炒青菜，每人有一条半斤重的红烧鱼，大米饭或大馒头；晚上是青菜，半碗红烧肉，有时候是炖的鸡肉，主食往往是大包子，也有馒头和大米饭，还有搭配水果。
训练的教官是部队现役军官，就是一个士兵都是士官，训练这些海盗那是绰绰有余。现在有良好的饮食配合，教官也不怕把他们训练坏了，每天早上起来先是3公里到5公里的越野，开始的时候是徒步越野，逐渐加上负重，负重也损是逐步增加的；越野后是洗刷和早餐，上午是体能训练，下午是战术训练，上午和下午分别打靶20发子弹，固定靶和移动靶分别打10发，卧姿和跪姿各打一半；晚上是文化课和思想政治课。
张伟为了加强这些海盗的军事力量，专门购买了2000支委员会1888步枪，50挺麦德森轻机枪，20挺马克沁重机枪，6门75克虏伯山炮。并安排万鸦老市的船只维修厂，对海盗那些破船进行了维修和改造，把风帆船全部淘汰，只留下一些以蒸汽轮机为动力的船，并把这些船的燃煤锅炉改为燃油锅炉，增加航程和航速，武器系统也做了相应的改造，全部换成速射炮。
现在张伟下达了清缴海盗的命令，这些经过简单训练的海盗立刻成了先锋军，从他们当中选出素质最好的组成了6个战斗排，每个排40人。每个排协助1个分舰队。由于他们更熟悉海盗的特性，知道他们的老巢，很多人与其他海盗组织有联系，甚至在其他海盗组织中有熟人，这大大加快了清缴速度，甚至还策反了一些小的海盗组织，让他们直接就加入了现在的海盗军。
对不愿意投降的海盗，这次是坚决打击，绝对不能在群岛军区的管辖区域内存在海盗。
对于投降的海盗，其中身体素质合格的华人，被分到海盗军中去训练，对于其他种族的海盗，被组成了一支雇佣军，准备让他们专门执行一些特殊任务。雇佣军直接归分给了2个师管辖，并负责他们的训练。
截止到3月底，群岛军区所辖范围内已经没有海盗出没了，经过淘汰，现在海盗军已经达到4300人，雇佣军达到6000人，每个师分了3000人的雇佣军。对身体不适合参军的华人都安置到各地区了，对身体不合格的非华人，就被秘密解决掉了。
对清缴海盗所获得的财富，让张伟大为高兴，只是金银，不算其他物资，折合成白银超过1000万两。这让张伟决定，以后要把海盗当成一项事业来经营，而且要让这项事业发扬光大。
海盗军全部在万鸦老接受军事训练。
为了加强海盗军以后再海上的猎杀能力，张伟专门给其配备了2艘英国哨兵级轻巡洋舰，基准排水量2880吨，功率为17000马力，最高航速25节，主炮10x76炮，2x18寸鱼雷，连同船员辎重等花了10万多积分。
为了加强主炮威力，又购买了1艘驱逐舰，日本海风型涡轮机军舰。战斗时任务是炮击、突破敌人警戒网、实行抵近鱼雷攻击。全长98.5、基准排水量1030吨。主机为帕森斯式直接联结汽轮机1组3轴，中央轴直接联结高速汽轮机、两舷轴直接联结低速辅助推进汽轮机、高速巡航结合联结左舷低圧汽轮机、定圧巡航结合右舷低圧汽轮机、主锅炉伊号舰本式水管锅炉8座，重油锅炉2座、重油/煤混合锅炉6座。功率20500马力、航速33节、续航力15节/2700海里。武器为12cal单联装炮5门、45cm单联装鱼雷发射管3具。乗员141名。
为了加强对海盗的管理，从海军抽调中校许强，提升为上校军衔后担任海盗团团长，从第4师抽调了一位副团长丁光明提升军衔为上校后担任海盗团副团长，协助许强处理陆地上的事务。
海盗军训练到4月底就