皇太极对明朝的军事行动仍因山海关的阻隔，分成为入口之战和关外之战。崇德年间一共发动了三次入口之战，每次作战都分出一部分兵力在关外，以为牵制。崇德元年（1636年）五月，皇太极派阿济格等领兵出战，这是第一次入口之战。俘人畜十七万九千八百二十，生擒总兵巢丕昌。[38] 崇德四年（1639年）三月，清军渡运河，攻破山东济南府，克城败敌，俘人口二十五万余，四月凯旋。清军最大的损失是扬威大将军岳讬死于军中。[39] 崇祯帝不但宣布了京师戒严，而且非常忧虑，以致在农民军和清军都攻上来的时候，宁肯暂时放松对农民军的围剿，而把主要力量调到抗清战场上。[38]
奠定基业
崇德五年（1640年）三月，清军修义州城。过去清军分出一部分入关，现在全力用于松锦大战。崇德六年（1641年）八月，皇太极见形势危急，不顾鼻子出血，经
过六天急行军到了松山。皇太极亲征，大大鼓舞了清军的士气。他部署清军自乌忻河南至海，横截大路，绵亘驻营，再在高桥设伏，围追堵截，处处有备。二月十八日清军入松山，生擒洪承畴。三月初八日，锦州城内的祖大寿也以孤立无援被围一年后投降。四月，清军又攻克塔山、杏山，并毁二城。至此，松锦决战以清军胜利告终。此战歼灭明军五万余人。在降服松山、锦州后，清军占领了除宁远外的明朝关外全部城镇。[40]
崇德七年（1642年），皇太极发动了生前最后一次入口之战。他对这次军事行动提出了异乎寻常的要求，即注意明朝和农民军的动向及应采取合作的态度。[41] 这次进军的统帅是奉命大将军阿巴泰等，两翼大军分别从界岭口及黄岩口毁墙而入，长驱南下，至山东兖州，计克三府、十八州、六十七县，败敌三十九处，获黄金二千二百五十两、白金二百二十万五千二百七十两，俘人民三十六万九千口及牛马衣服等物。但是就在这样的大胜利面前，许多文武大将提出直捣山海关时，皇太极仍坚持既定国策，不轻易冒险。终皇太极之世，清军不曾通过山海关，但没有他们扫清道路，也就不可能有后来的清军入关。同年十月，西藏□□五世罗卜藏嘉木错派遣伊拉古克三胡土克图和厄鲁特蒙古戴青绰尔济等向清朝通好。皇太极一再盛赞藏传佛教，向藏使表白他对佛教笃信不疑。
猝然长逝
皇太极在五十岁时，因他心爱的宸妃之死，身体立刻变得虚弱了。皇太极一生娶了十五位妻子，而他最喜欢的是天聪八年（1634年）娶的博尔济吉特氏，崇德元年封她为关雎宫宸妃。这位妻子贤淑文静，皇太极和她颇恩爱，婚后曾生一子，皇太极高兴至极，为此发布了大清第一道大赦令。这个儿子二岁而殇。崇德六年（1641年）九月，皇太极正在松锦前线，忽听宸妃病危，急忙赶回盛京，到时宸妃已死。皇太极悲不自胜。从此这位身体一直健壮的皇帝忽而昏迷，忽而减食，常常“圣躬违和”。当年十月初二日，他对诸王及他们的妻子儿女说：“山峻则崩，木高则折，年富则衰，此乃天特贻朕以忧也。”[43] 这流露出皇太极已为他年老体衰而不安了。
崇德六年（1641年）以后，皇太极因身体不好，曾发布过大赦令，也减少了处理日常事务的负担，甚至做过祈祷。崇德八年（1643年）八月初九日，皇太极猝死于盛京后宫，年52岁。谥应天兴国弘德彰武宽温仁圣睿孝文皇帝，后累加谥为应天兴国弘德彰武宽温仁圣睿孝敬敏昭定隆道显功文皇帝，庙号太宗。葬沈阳昭陵（北陵）。