“职惟知尽忠报国，绝不肯偷身自免！[4] ”东江主帅毛文龙战时如是说，他亲冒矢石，身中数箭，犹死战不退！在毛文龙的激励下，东江健儿人人奋勇，与后金军舍身搏斗，鲜血染尽三千里江山。在中国的意大利传教士卫匡国向欧洲人介绍说：“此次战役之激烈为中国所未曾见。[6] ”，并说：“抗拒鞑靼人最有力的要数英勇盖世的大将毛文龙。[6] ”
朝鲜史料则认为是朝鲜民间的义军打败了后金大军，毛文龙坐困穷岛，毫无作为。
朝清战争
后金□□哈赤为避免两面作战，对朝鲜采取拉拢的政策，多次派遣使臣赴朝鲜投书，希望朝鲜与明朝脱离关系，与后金结盟。但是朝鲜不为所动，仍然支持明朝，反对后金。后金面对明朝与朝鲜的夹击，决定向较弱的朝鲜开刀。清天聪元年（1627年），皇太极与贝勒阿敏亲自领兵入侵朝鲜，史称丁卯胡乱，朝鲜军队不敌清兵，仁祖与群臣逃往江华岛，结果朝鲜与后金议和，约为兄弟之邦，朝鲜并向后金岁贡。[2]
1636年丙子（明崇祯九年，朝鲜仁祖十四年，后金崇德元年），皇太极正式由汗改称皇帝，改国号大清，族名满洲。他事先将此事通报朝鲜，希望朝鲜参与劝进。朝鲜闻讯大哗，积累近10年的憎恶、羞辱情绪一并迸发。朝鲜臣僚纷纷痛切陈词，“使彼虏得知我国之所秉守，不可以干纪乱常之事有所犯焉。则虽以国毙，可以有辞于天下后世也”。在一片慷慨激昂的气氛下，仁祖拒不接见后金使团，不接受其来书。后金使团愤然离开汉城，沿途百姓“观者塞路，顽童或掷瓦砾以辱之”。
仁祖在三田渡向皇太极跪拜
该年四月，皇太极在沈阳正式举行称帝大典，朝鲜使臣罗德宪、李廓拒不下拜。皇太极非常气愤，认为这是朝鲜国王有意构怨，决定举兵再征朝鲜。该年十二月二日，皇太极亲自统帅十万大军亲征朝鲜。清军渡江后，扬野战之长，舍坚城而不攻，长驱而南，仅仅十二天便抵达王京城下。京畿之内“上下惶惶，罔知所为，都城士大夫，扶老携幼，哭声载路”。仁祖再次将王妃、王子和大臣妻子送往江华岛避难，自己则率领文武百官退守南汉山城等待各路勤王军的到来，同时派出崔鸣吉等人赴清营谈判，拖延时间。朝鲜请和书中写道“朝鲜国王谨上言于大清宽温仁圣皇帝：小邦获戾大国，自速兵祸，栖身孤城，危迫朝夕……如念蒙丁卯誓天之约，恤小邦生灵之命，容令小邦改图自新，则小邦之洗心从事，自今始矣。必欲穷兵，小邦理穷势极，以死自期而已”云云。皇太极见朝鲜君臣求和之切，毫无斗志，乃对其迫降，下令清军包围南汉山城，伐木列栅，绕城驻守，山城内粮草断绝，不得不杀马充饥。各路勤王军队也被清军击败，朝鲜君臣只有坐困孤城。仁祖曾经爬到南汉山城的南门，看到城下清军黑压压一片，不禁长叹。清军在望月峰上升白旗书招降二字，又致书仁祖，令其出城投降。仁祖则复书“重围未解，帝怒方盛”，所以不能出城请降，“古人有城上拜天子者，盖以礼有不可废，而兵威亦可怕也……”。见朝鲜方面还在纠缠于出城投降的细节，不耐烦的皇太极下令用火炮攻城，同时清军又攻占了江华岛，俘虏王妃、王子、宗室76人，消息传来，见大势已去，仁祖只好求和。
1637年正月三十日，仁祖率领群臣出南汉山城，徒步前往汉江东岸的三田浦清营拜见皇太极，伏地请罪。皇太极降旨赦之。双方筑坛盟誓，朝鲜去明年号，缴纳明朝所赐诰命敕印，奉清朝正朔，定时贡献，并送质子二人。此外，朝鲜朝廷中主战最坚决的洪翼汉、尹集、吴达济三人被清军索要，在沈阳就义，号称“三学士”。此役为朝鲜历史上著名的“丙子虏乱”。清朝班师途中顺势攻陷皮岛，拔除了明朝在辽东沿海的最后一颗钉子。[3]
丙子虏乱之后，朝鲜成为清朝的附属国。世子李溰长居沈阳，另外一质子则由凤林大君和麟坪大君轮流担任。同时朝鲜还要岁贡黄金百两、白银千两、白苎布200匹、各色绵细2000匹、各色细麻布400匹、各色细布万匹、米万包等等。
具有高度发达的儒家文明、以“小中华”自居的朝鲜沦为落后的山林狩猎民族建立起来清朝的藩属国，在当时的朝鲜是令君臣黎民都痛心疾首的事情，丙子虏乱对朝鲜社会、文化的冲击非常大。国王和两班的权威一落千丈。清朝的征索也加重了朝鲜的负担。经济掠夺、政治欺压、文化差异，使得终朝鲜之世，思明反清的情绪一直都是社会思潮的主流。