陈大等人出发前商量过了，路上碰上官军就马上开打，将官军向外海引。船队逆风小心翼翼的向北行驶，没想到快天黑了，到了南日岛海域都没见到官军船队的影子，前方前出近十里的哨船也毫无消息。
所有人都感觉不对，二月刮的是西北风，正适合南下。湄洲岛逆风行驶，一路上时刻戒备，哨船四出，就拍不小心漏过官军船队，就算这样一个白天也从湄洲岛驶到了南日岛。从福州传回的消息来看，到现在为止官军出发已经两天一夜了。就算只白天赶路晚上靠岸休息，官军船队行驶的再慢现在也应该到南日岛附近海域了。
难道官军的目标不是湄洲岛，还是官军没有贴着海岸行驶，而是走外海从海上偷袭湄洲岛。陈大怎么想都感觉不对，官军来攻打湄洲岛应该没错呀，难道不是？从外海走，官军应该没有那个能力和魄力呀。还是白天的时候和官军船队擦身而过，这也不应该呀。和几个手下商量了下，都毫无头绪。反正不敢再往北走了，船队在南日岛南边海域停靠等待消息。
陈大一方面连夜向北派出哨船，尽量向北哨探。另一方面连夜派船向湄洲岛方向哨探并回岛传信，让孙天泉等人留意外海方向，防止官军突袭。
半夜向北哨探的哨船传回消息，在南日岛北边的小日岛发现官军船队靠岸休息，双方隔着南日岛离着并不远。总算发现了官军，没有出现什么意外，陈大怎么也没搞明白，官军出发这么长时间了，怎么才到小日岛。一边下令再次派出哨船，一定要将官军船队盯紧了。一边下令船队好好休息一晚，明天一早出发，迎战官军。
陈希范统领的官军现在才到小日岛是有原因的，理由还非常充分。二月四日船队从福州城外出发后，在闽江里什么事也没有，让陈副总兵万万没想到的是船队刚出海不久，大部分战兵都晕起船来，吐得稀里哗啦，家丁也不例外。实在没有办法，陈希范只好命令水军驾船靠岸休整，第一天就出师不利，没有走多远。
上岸后陈希范升帐与主要官员商量对策。有个战兵千户建议不如分开走，战兵从陆地上走，到离湄洲岛最近的地方等待，水军驾驶船南下，先行消灭湄洲岛船队，之后再运送战兵上岛，攻打海盗的寨子。水军孙参将则不同意分兵，战兵从路上走太费时间，要五六日才能走到地方，水军最多两天就可以到达。
孙参将认为水军1000余人和湄洲岛海盗人数差不多，比海盗强点也有限，双方交战的话水军没有必胜的把握。海盗没有什么火器，都是接舷跳船短兵相接作战。官军战兵短兵相接战斗力高，水军有战兵辅助作战，才有必胜海盗的把握。这也是出兵前孙参将和俞总兵说好的。现在分兵的话，万一水军战败，谁来负这个责？另外万一湄洲岛上的海盗不战而逃，难道要让水军单独追击。最多两日就能到湄洲岛，不就是晕船么，让战兵多忍忍就过去了，上岛后再休整不迟。
陈希范想了个两全其美的办法，道：“晕船厉害的也没法辅助作战，不如将战兵一分为二，不晕船和晕的轻的挑出1000人，跟随孙参将快速南下作战，剩下的随本将从陆地上走，只参加攻打山寨之战即可，你们以为如何？”陈希范这个主意不错，都能照顾到，就这么决定了下来。
万历四十四年二月五日早晨，陈大率领船队北上的时候，陈希范和孙参将也分兵出发了。孙参将率领着船队走的不慢，一个白天的时间就从福州沿海赶到了小日岛。