72年9月3日，木棉号进入了宇宙中的黑暗地带，整个黑暗地带中没有任何的星球，甚至连一颗微小的陨石也没有，木棉号在永恒的孤寂之中航行了足足三百年的时间，此时因为资源供给严重不足，100万人类幸存者再一次被严格的执行计划生育，三百年后飞船中只剩下不到3万名人类，同时木棉号的动力核心陷入燃料短缺的状态，核聚变引擎只能够在工作不到十年的时间。
而此时根据推算，想要渡过黑暗地带还有足足需要三千年的时间，木棉号似乎注定要长埋着永恒的孤寂之中。危急时刻，冷清秋决定彻底关闭木棉号的引擎，用于节省珍贵的燃料。同时关闭大部分维生系统，幸存人类全部进入冬眠状态，只有领航者生活在木棉号的一小块区域之中，拼尽全力的展开对于迁跃引擎的研发。
453年，五百多名领航者们中的启迪者们经过同心协力的研发，最后在朱晨星的灵光一闪之下，迁跃引擎的理论研究工作终于完成。可新的困难却摆在冷清秋的面前，木棉号上已经没有足够的资源用来制造迁跃引擎。
冷清秋最终决定拆除木棉号上能够拆除的所有有用的设备，将这些设备的资源回炉，用来制造迁跃引擎。最后多灾多难的木棉号被拆除了所有的武器系统，大部分的外部装甲，大部分的维生系统，甚至一部分主体结构也被彻底拆毁，这才制造出了一套迁跃引擎。
可是这个迁跃引擎的燃料只够使用一次，如果这一次迁跃失败，人类将被永远困在无边无际的虚空之中。所有人都不敢按下那个启动迁跃引擎的按钮，最后还是做为帝国皇帝的冷清秋冷静的决定了人类的命运。
531年8月7日，木棉号从迁跃之中逃出，人类惊讶地发现，木棉号居然直接出现在一颗可供生命居住的类地球行星附近。
这颗行星拥有完整的生态系统，绿绿葱葱的植物，品类繁多的动物，温暖的阳光和充足的氧气……这似乎是一颗和曾经的地球一模一样的星球，经过仪器检测发现，这颗星球和地球的相似度高达89。
于是冷清秋命令木棉号全速向这颗星球进发，但在降落的过程中因为木棉号的降落设备被拆毁，只能够进行强行降落。最终冷清秋依靠弹射舱，在木棉号进入星球大气层之后将所有人类和领航者弹射而出，木棉号则最终坠毁在这颗星球上，变成了一堆残破的遗迹。
从弹射舱中逃脱之后，冷清秋发现自己的身边只有冷木棉和唐灵儿两个人而已，其余所有的人类都分别降落在这颗星球不同的地方。冷清秋历尽艰险之后终于将大部分的人类给找齐，可是朱晨星却去了踪影。
无奈之下，冷清秋只能宣布朱晨星失踪，并且册封朱晨星为圣智皇后，同时宣布将这颗全新的星球命名为新地球，然后正式宣布这颗星球成为人类的第二母星，人类将在这颗星球上重新发展自己的文明。
冷清秋带领人类开始拆卸木棉号中所有依旧能够使用的设备，重新组建出自己的机器人军团，开始了人类新生活的建设。
638年7月2日，此时人类在新地球上已经重新恢复到了3000万人口，大量的婴儿潮将生，星球的一切欣欣向荣。同时吸取地球的教训，冷清秋制定了和自然共同发展的发展策略，眼看着人类就将重新回到自己的全盛时期。可是让所有人类难以想象的事情发生了，在遥远的星系恒星的另一头，一颗大型行星再一次出现在星系之中，而且轨道必然会和新地球的轨道撞击，曾经地球经历过的故事即将在新地球的身上出现。
这一次冷清秋决定不再接受命运，而是要带领人类抗争。于是冷清秋下令地球开始建设新一代旗舰木棉号，同时制造人类所能制造的最大口径的超量子粒子炮，带领整个人类和这颗行星战斗，最终将这颗行星击毁。
有了木棉号的经验以及3000万人类，800多位领航者的帮助，一艘比木棉号巨大十倍的超级飞船正在建设之中，所有人类同仇敌忾，爆发出了惊人的热情，新木棉号正在快速的建造之中。
与此同时，一位领航者中的开拓者在这颗星球的地下找到了一个地下遗迹，在经历过重重冒险之后，这位开拓者在遗迹的核心部位找到了失踪已久的朱晨星，同时发现了这颗星球的真相。
原来这颗星球在几千万年前和曾经的地球一样，也拥有着高度发达的文明。后来这颗星球上的文明发现，这个星系之中的恒星似乎受到了什么奇异的力量影响正在疯狂的膨胀之中，100年的时间就会将这个星球给拉扯到恒星的火焰之中。
这颗星球上的文明和人类一样决定建设一艘强大的宇宙飞船逃亡，然后这个星球的文明也成功了，他们仅仅只用了六十年的时间就制造好了属于自己的宇宙飞船，踏上了逃亡之路。
只不过在逃亡之前，这个文明将自己文明相关的所有资料和科技全部封存在一个特殊金属打造的能够在恒星的高温之中依然存在的盒子之内，同时这个盒子被藏在这颗星球的地下基地深处。作为这个文明存留在这个星系的标记，等自己的文明强大之后，便重新回到这个星系，重建自己的母星。
只是没有想到，在这个文明离开之后，新地球居然并没有毁灭，那颗恒星似乎也回到了原来的状态，一切似乎都像是一出闹剧一样，闹剧结束之后一切都归于平静，只是这场闹剧的看客们却再也不在了