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不久在魏公公四处挥舞橄榄枝时，投奔阉党成为太常少卿，“弃暗投明”。
魏忠贤当权时，他深知自己是东林出身，又当上了反东林楷模，估计是两面难讨好，因此行事十分小心。一段时间后，他又归乡里，打算观望形势。
崇祯二年(1629)，魏党事败，他上书指出东林与阉党都“党附宦官”，应该一起罢去，崇祯不听，结果他名列逆案被罢官，避居安庆、南京，招纳游侠，谈兵说剑，结成文社。
中途他想与复社和东林讲和，因此在复社领袖张溥为其师周延儒复相而奔走活动时慷慨解囊相助，表示愿意重归东林。东林反对周延儒报答他。因此崇祯一朝终未得仕。
不过周延儒也不是完全没有节操，虽然碍于东林的阻挠，不能启用阮大铖，但他同意阮大铖举荐一名死党入朝，阮大铖于是举荐马士英代替自己，马士英由此登上高位，接替了被张献忠打得很惨的高斗光被起用为凤阳总督。
崇祯八年（1635），民变军进入安徽。阮大铖避居南京，当时复社中名士顾杲、侯方域、黄宗羲等憎恶其为人，作《留都防乱公揭》驱之，连保养了几十年的大胡子都被复社子弟追着拔掉了不少，被弄得十分狼狈。
鉴于阮大铖与东林的龌鹾，马士英知道此刻举荐他入朝任职暂时是不可能的，他绝对有理由相信那些东林党知道消息后肯定会用唾沫把他和皇帝一起淹死，所以他没有上疏，而是约到了内侍田成，让他将自己的口信捎给皇帝，愿不愿意接见阮大铖由皇帝自己去决定。
当朱由桦收到马士英的秘荐口信后，颇为欣喜，抱着试一试的态度，他在皇城偏殿内秘密召见了阮大铖。
这一日，阮大铖方巾道袍，打扮得很是得体，给朱由桦留下了一个很不错的第一印象。在他前世的印象里，阮大铖是个十足的奸佞小人，没什么真本事，当然，前世的史料大多传自东林和鞑清之手，真实度有待考量，传言也未必可信。
所以朱由桦并没有一上来就问计问策，而是打算先探探阮大铖的底，考校一下他的才能，考校的东西以实事、军事等方面为主，想证实一下阮大铖是否有真才实学，如果有真才实学，人品差一点又何妨？真小人又何妨？就这样的人昔日的曹孟德想多找一些都找不到呢！古今论求贤若渴，谁能比得上曹孟德？
相比内阁里的那些只会拖后腿的“忠臣贤士大夫”，小人的揣摩君意和审时度势才是此刻的他最需要的，作为皇帝，如果连用人都要受到钳制，和傀儡还有多少区别？还谈什么抗鞑保命？不掌权，勿宁死！
要说明时的许多读书人，一受宋以来理学之害，二受八股科举之害，往往读书一生，毫无实学，问兵、农不知，问钱、谷不知，问经邦济民之策，瞠目不知所答，只有极少数人能打破科举制艺藩篱，涉猎一些杂学（明代读《四书》、《五经》和学做八股文为读书人晋身的敲门砖，把别的书籍和学问都看成杂学），阮大铖是否有真才实学，他一试便知。
“来人，给先生赐座。”朱由桦面带微笑的说完，便有小内监搬来椅子，放在了西首处。
阮大铖恭敬的端坐在朱由桦赐给他的椅子上。
闲赋在家了这么多年，对热衷仕途的阮大铖来说是难以忍受的，平日里只能靠写戏编曲来来派遣政治的失意和寂寞，好不容易熬到了先帝驾崩，新朝建立，阮大铖觉得这是一次十分难得的复出机会，在加上好友凭借着拥立之功入了阁，阮大铖的一颗入仕的心更活跃了，私下里同马士英联络十分频繁，功夫不负有心人，十几年的前一场豪赌式的政治投资，如今终于有望回本，阮大铖十分珍惜这一次的机会，准备工作也做得十分充足。
见完礼后，朱由桦凝视了一下阮大铖，突然问道：“朝廷新定联虏平寇之策，不知先生对此有何看法？”
阮大铖闻言一愣，不知道皇帝为什么突然问出了这个问题，但是他很快就镇定了下来，几乎是一瞬间就敏锐的意识到了皇帝问这话的意图。
皇帝如果赞许朝中诸公的“联虏平贼”之策，没必要再让他说些炒冷饭的话，但是如今方略既已定下，连议和的使团都派出去了，也说明皇帝陛下并不是很反对这个方略，也许是预想到了一些不好的后果，导致内心依然有些犹豫不定，故而想听听不同的意见。
有了这层理解，阮大铖就有些底了，他稳了稳心神，沉思片刻，等心中有了腹稿后，稍稍斟酌了下语句，这才小心谨慎的缓缓开口道：“臣闻闯贼虽败入陕甘，然主力未失，尚有数十万精锐步骑，若与献逆联合，驰突荆襄，顺流东下，睥睨长江，朝廷到时平之者难，阻之者亦难也。确为我朝之心腹大患。
而十万建虏踞神京，动摇山东、河南诸地，随时有放马南下之意。亦是本朝一大患。
今日江左形势视之晋、宋更为艰难，肩背腹心，三面受敌。
我朝若与建奴联合，共抗闯，献二逆，等平寇之后，建虏若控弦南指，饮马江、淮，侈功邀赏，到时我朝上下将如何应对之？