当年郑芝龙娶日本长崎王族田川氏为妻，生下郑森后不久，就离开日本跟着颜思齐做了海盗，出没于东南海域，劫掠过往商船。颜思齐死后，郑芝龙继为盗首。
郑芝龙有三个弟弟：郑芝虎、郑芝彪和郑芝豹，兄弟四人都是武艺高强、凶狠好斗之徒，领着一群海盗横行不法，威震东南。崇祯元年受招安，郑芝龙由海盗摇身一变成为堂堂的朝庭命官海防游击，驻扎在安平镇。
郑芝龙在安平镇的官邸纵横数里，海船可直达宅内，兵饷完全自给。当时，所有的海舶必须交纳年金，换取郑氏令旗方能通行无阻，郑芝龙因此岁入金银千万，富堪敌国。
郑芝龙名正言顺地做了官后，当然很想把妻儿从日本接回中国，但按照日本的规矩，凡是入赘在长崎王族为婿的，妻子儿女都不得离开国土。直到崇祯二年，郑芝龙用重金打通了关节，长崎家族才充许七岁的郑森回国读书，但仍留着他的妻子田川氏不放。
郑芝龙虽然凶狠好斗，心肠毒辣，从不做于己无利的事，但对儿子却爱之如命，不惜代价为郑森聘请了最好的文武教师，一心想把儿子培养成文武双全的栋梁之材。然而‘人算不如天算’，二十出头的郑森虽然腹藏文章锦绣，身怀武艺绝技，但性格却和郑芝龙颇有不同。
十多年的儒学教育，让郑森有着强烈的建功立业的yù_wàng。
修身，齐家，治国，平天下！
是熟读圣贤书的士子们一生的追求！
饱受儒家思想灌输的郑森也不例外。
流贼肆虐北方时，郑森时常请求父亲给他兵马北上讨伐流贼，建功立业，无奈郑芝龙不允。
崇祯十七年四月，福王朱由桦在南京登基称帝，郑森得到邸报后，又一次缠着父亲要求前往南京，去建功立业，郑芝龙抵不住他的吵闹，勉强同意他前往南京，但只容许他进太学读书，不得染指战事。
于是郑森进了南京国子监读书，师从江南名儒钱谦益。