李渊闻报大发雷霆，命令严查凶手。最终凶案告破，两位杀手是定州刺史独孤修和他的弟弟。
两年前，他们的父亲、皇泰主手下的司隶大夫独孤机因为密谋联络唐军偷袭东都城，被王世充满门抄斩；现在，在几乎没有遇到防卫和抵抗的情况下，他们成功地为父亲复了仇。皇帝李渊得知后，仅仅将独孤修免除官职了事。
王世充的儿子王玄应及家族其他男子，走到半路上又被大唐朝廷以谋反的罪名全部诛杀。
通过曲折的手段解决了王世充家族后，皇帝李渊心中总算石头落地。
李渊以为天下业已平定，四海一统，便宣布大赦天下；但仍下令追讨窦建德的余党，抓捕后充军流放到边疆。
治书侍御史孙伏伽上书劝谏道：“孔子有言，兵、食可去，信不可去，陛下既然业已宣布大赦天下，又继续将窦建德的部下流放边疆，是否违背了本意，让臣下不知到底以您哪一条诏令为准呢？再说连王世充都作了宽大处理，何况是窦建德的余党呢？臣以为应该将已抓捕到的全部予以释放。”
李渊接受了孙伏伽的建议，但并没有下文取消以前的诏令。河北各地官吏继续搜捕窦建德的将领。
窦建德败灭后，他手下的将领都带着多年积攒的财物回到了乡里。当地大唐官吏想从中抽肥，便想方设法借用法律条文来处置他们，抓起来后，有时还苦刑拷打，弄得窦建德的旧将个个惊惶不安。窦建德的主要将领范愿、王小胡家在洺州，他们打算偷偷带着家产逃亡外地，官府追捕得很急，他们只好逃到贝州。
这时，他们又得知朝廷征召窦建德旧将范愿、董康买、曹湛以及等人的消息，便坐不住了。
“不公道啊，真是太不公道了！”将领们互相感叹着，愤愤不平地说，“王世充拿洛阳降了唐国，他的将相大臣段达、单雄信却被杀掉了。我们这些人到了长安，必定免不了要被砍头！十年来，我们身经百战，早就该死了，现在何必贪生怕死？不如起来造反得了！看我们的夏王，死得好冤屈啊——他抓住了李神通和那李渊的妹妹，都用客人之礼接待他们，可是那李渊抓住了夏王，却把他杀了！真是太没有良心了！我们都是夏王所信赖的人，现在我们如果不起来为他报仇，我们还是人吗！还有脸活在这个世上吗！”
“反了吧——就是死了，我们也要轰轰烈烈地死！”
于是众人决意造反。他们焚香占卜。神明指示他们说，奉刘氏为主，一定大吉。于是他们偷偷潜往漳南，去拜访窦建德的旧将刘雅，将他们的密谋告诉了他。
刘雅拒绝出头为主。“天下刚刚安定，”他对昔日的同事说，“我打算终身耕田种桑，不愿再起兵了！”
众人大怒，认为他没有良心，又害怕他泄露了密谋，便将他杀了。
窦建德所封的汉东公刘黑闼这时也隐居在漳南；众人前去拜访，将密谋告诉了他，刘黑闼高兴地允诺愿意领头造反。众人大喜；于是他们暗暗地招兵买马想要再次造反。
在李世民平灭王世充的时候，在江淮也发生了一件大事，杜伏威和李子通这对老冤家终于发生了火并。
杜伏威和养子王雄诞带领着三万人来攻打李子通，他们在青松岭对峙。杜伏威看出李子通已经被大魔国打怕了，现在是色厉内荏。
他们就派人多造旗鼓，夜间则虚设灯火，尽力制造数十万大军的假象。可能是上次被夜袭留下了严重的心理阴影，李子通草木皆兵之下，居然自行烧了营帐，连夜全军撤退。王追击到杭州城下，李部崩溃，李子通穷蹙投降，杜伏威独占江淮。
在消灭李子通后，杜伏威又派王雄诞进攻江淮间其他独立势力。很快将他们一举扫平，成了江淮霸主。
李唐当然不可能在任由一个新的对手成长起来，这时李世民刚刚打败了王世充，就趁机带着大军道和江淮接近的边境，炫耀军威。
此时的杜伏威连遭打击已经没有以往的雄心壮志，加上家里辅公佑争权夺势越来越激烈，再被李世民这一吓唬，使得他明白唯一还能对李唐构成威胁的就是自己了。
杜伏威自然明白李世民的用意，心中十分不安，担心成为李唐下一个进攻目标；终于心灰意冷，决定撂挑子不干了。
于是杜伏威突然下了一个决定，索性上书李渊，请求入朝。李渊收到报告后自然高兴，批准杜伏威入朝。于是杜伏威将江淮军交给义子王雄诞，自己带了少数亲信于当年七月到长安朝见李渊。
杜伏威的主动献忠心让李渊很是满意，同时也是为了在天下人面前做个样子，李渊加封杜为太子太保，位在齐王元吉之上(那应该就是仅次于李渊、李建成、李世民三人，为大唐第四号人物)。
杜伏威离开后，江淮军很快出了大乱子。当年创立江淮军时，最高领袖是杜伏威和辅公祏两个人，二人自幼为友，长大后又共同起义打天下，号称刎颈之交，辅公佑比杜伏威年长，杜就称辅为兄，军中称辅公佑为“辅伯“，辅的地位与杜相当。
但随着势力的壮大，在权力的引诱下两人的友谊终于出现了裂痕，杜伏威认为辅公祏的地位过高影响了他的领导权，因此杜夺了辅的兵权，只让他担任位高而无权的仆射一职。
辅公祏对此心中不平，于是借口与故友左游仙学神仙术，主动退出权力之争，平时不理政务。
杜伏威