李渊摇了摇头说：“不能这样。杨文干的事情关连着建成，恐怕响应他的人为数众多。你最好亲自前往，回来以后，我便将你立为太子。我不愿意效法隋文帝去诛杀自己的儿子，届时就把建成降为蜀王。蜀中兵力薄弱，如果以后他能够事奉你，你应该保全他的性命；如果他不肯事奉你，你要捉拿他也容易啊。”
李世民心中一动，装出自己无意皇位的样子，出了皇宫点齐人马前去庆州捉拿杨文干。
李渊因为仁智宫建造在山中，担心叛兵突然发难，便连夜率领担任警卫的军队从南面开出山来。
走了数十里地的时候，太子东宫所属的官员相继到来，李渊命令他们一概以三十人为一队，然后分派军队包围、看守着他们。第二天，李渊看到东宫手下都已经被俘，也没有过激的反抗，才又返回仁智宫。
李世民出发以后，李元吉与后宫嫔妃轮番替李建成求情，裴寂个封德彝又在外朝联络倾向于李建成的大臣设法解救建成。于是，李渊改变了初衷，又让李建成回京城留守。
李渊只以他致使兄弟关系不和睦的过错而责备他，还将罪责推给了太子中允王圭、左卫率韦挺；同时责怪天策上将府兵曹参军杜淹没有好好地辅佐好李世民。这样各打了五十大板，将他们一并流放到了巂州。
杨文干骑兵率先攻陷毫无防备的宁州，驱赶劫掠官吏与百姓出城，占据了百家堡。
秦王世民的军队来到宁州以后，杨文干的党羽被吓得魂飞魄散，连夜便全部溃散。
七月初五，杨文干被自己的部下杀死，他的头颅被传送到京城。李世民捉获了宇文颖，将他杀掉。
杨文干的叛乱虽然没有对唐王朝造成打击，不过却让李建成和李世民的关系更加紧张。同时李渊再一次失信于李世民，也让李世民对父亲不满增加，也断了父亲回心转意，册封自己为太子的心思。
这一段时间亲王府的人占据了上风，太子李建成和齐王李元吉却暗暗地积攒实力，并且通过嫔妃和手下的文臣不停地向李渊吹风，说李世民天策府的实势力太强，手下的武将也都桀骜不驯，难免以后要生祸端。
李渊也是心中也是暗暗后悔，想要收回一部分李世民的权利，不过李世民是性情中人，哪里受得了这种委屈；当时就和父亲大吵了一顿，闹得李渊很是下不了台。
自此李渊更加厌恶李世民，在没有想着再改立太子。正在这时，逃到突厥的刘黑闼再次接兵卷土重来，李渊认为李世民上次剿抚不利狠狠地训斥了他一顿。
李建成的太子中允王圭劝说太子道：“秦王功盖天下，内外归心；而殿下不过是因为年长才被立为太子，没有大功可以镇服天下。现在刘黑闼的兵力分散逃亡之后，剩下不足一万人，又缺乏粮食物资，如果用大军进逼，势如摧枯拉朽，殿下应当亲自去攻打以获得功劳名望，趁机结交山东的豪杰，也许就可以保住自己的地位了。”
李建成于是向父亲请求带兵出征，李渊顺理成章答应了。李渊下诏命太子李建成为陕东道大行台及山东道行军元帅、黄河以南、以北各州均受建成处置，他有权随机行事，让他带兵讨伐刘黑闼。