眼看敌人不可力敌，司马道子加大了招抚力度。
而桓玄则不失时机地表示，只要司马道子任命他为广州刺史，就答应退兵。
其实，按桓玄本意当然不想离开荆州，去偏远广州上任。
而之所以提出这样请求，正是桓玄高明之处。
桓玄心里很清楚，司马道子绝不会让他留任荆州、江州、雍州等要害州郡。
但是，作为眼下依旧是白身的桓玄而言，急需一个进身之阶，也就是刺史名位。
广州远在岭南，远离桓氏旧地——荆州。
于是，司马道子欣然答应了桓玄请求。
很快朝廷下旨任命桓玄为都督交广二州、建威将军、平越中郎将、广州刺史、假节。
但是后来，桓玄虽然接受了朝廷任命，却迟迟不去广州上任，
摆平了桓玄，就等于摆平了西线叛乱势力，接下来司马道子重心放在了东线上。
刘牢之本性反复、贪婪，又没什么政治远谋，且跟王恭还有矛盾。
司马元显派遣庐江太守高素前去招抚刘牢之，并应允刘牢之，事成后将王恭位子交给刘牢之做。
收到司马道子亲笔书信后，在高官厚禄的引诱下，刘牢之答应背叛王恭。
趁着与王恭汇合之际，刘牢之诛杀了王恭亲信颜延，率众投降了朝廷。
随后，他派遣女婿高雅之、儿子刘敬宣率领轻装骑对王恭军发动了突然袭击。
王恭被这突如其来的打击打蒙了，麾下军队很快就溃败了。
原本王恭准备逃回京口据守，可没想到北府兵已抢先进入城中。
眼看事不可为，王恭只好与弟弟王履单身匹马逃奔曲阿（今丹阳），后来不幸被抓。
王恭被抓后，很快被司马道子下令处决。
与之一同遇害者，尚有五个儿子、弟弟王爽及其党羽孟璞、张恪等人。
随着王恭死去，这场由王恭掀起的叛乱终告结束，然叛乱带来的影响却远未结束。
很快又一场更大动乱席卷了整个江东，也宣告了东晋王朝之覆灭。