除此之外，今后都护府以及各地刺史府、郡守府、县府，将不在负责有关军务。
所有军务，统统交由镇西将军府管理。
镇西将军府下设左右司马，下领参军司、步军司、骑军司、侍卫司、府兵司、军器监、联勤司、监军署、军法署等六司一监两署，以辅佐卫朔处置军务。
参军司负责军情分析，制定军事计划，下达作战指令。
步军司、骑军司则专管职业厢军中步、骑两大军种之日常训练、招募、管理。
侍卫司则管理全部侍卫之训练和调配。
府兵司则专管各地府兵训练、招募。
军器监负责研制新式兵器与制造。
联勤司则统一采购军需物资。
军法署有权对各级违反军法之将领实施惩罚。
监军署只管士卒之思想教育，以及督责各级将领。
以上各司均无调兵之权，调兵权暂时被卫朔掌握在他手中。
各司的主官分别为：参军司（段业）、步军司（李暠）、骑军司（卫朔兼任）、侍卫司（康龙）、府兵司（杜进，其还兼任沙州都督）、军器监（卫朔兼）、联勤司（段业兼任）、军法署（卫朔兼任）、监军署（许昭）
虽然各司皆有了主官，唯剩下将军府左右两大司马空缺无人。
对这两个职位，卫朔心中早有属意人选，只不过两人一个被翟钊强留中原不得寸进，另一个还在后秦当参军。