锦衣卫的首领称为指挥使（或指挥同知、指挥佥事），一般由皇帝的亲信武将担任，很少由太监担任。属于外臣。而东厂、西厂的首领是宦官，即内臣。
在与锦衣卫的关系上，东厂后来居上。由于东厂厂主与皇帝的关系密切，又身处皇宫大内，更容易得到皇帝的信任。锦衣卫向皇帝报告要具疏上奏，东厂可口头直达；皇帝还赋予东厂督主以监督锦衣卫人员的权力。东厂和锦衣卫的关系，逐渐由平级变成了上下级关系。在宦官权倾朝野的年代，锦衣卫指挥使见了东厂厂主甚至要下跪叩头。
东厂、西厂与锦衣卫共同点是监视、侦查、镇压官吏的不法行为。即“巡查缉捕”
总之，出于专制政权的内部需要，皇帝需要一个独立于官僚机构之外的势力供自己使用，东厂、西厂与锦衣卫都是这样的机构。