在得知军事远征行动失败后，伊斯迪埃奥明白此刻是在米利都发动起义的最佳时期，这也是自己返回故土的唯可能。他无法直接寄信给阿里斯塔戈拉斯，因为那会很快被守卫或波斯密探截获，于是想了个办法，将贴身奴隶的头发剃光，把信文在头皮上，然后等头发长长。就这样，这个奴隶出行时没有被察觉异常。当他见到阿里斯塔戈拉斯时，剃去头发，得以将伊斯迪埃奥的指示告知阿里斯塔戈拉斯。
阿里斯塔戈拉斯向整个希腊联盟求助，以共同对付如此强大的敌人。仅有雅典和厄立特里亚派出少量援助。尽管在刚开始时取得了一些胜利，但最终还是在梅加巴特斯指挥的强大军队前一败涂地。
阿里斯塔戈拉斯的第一个行动是采取不同的策略，将之前与波斯人结盟的领主和首领控制起来，将他们放到各自的爱奥尼亚城市中去，任由市民发落。贬黜了这些领主之后，起义宣告开始。阿里斯塔戈拉斯下令在各个城市选出位将军，并在出发前往其他的希腊部族寻找共同对抗波斯人的盟友。
爱奥尼亚的叛乱在一开始便给敌方以实实在在的重大打击:突袭吕底亚的首府萨迪斯。这座城市被摧毁，但是波斯人拼死抵抗，结果爱奥尼亚军队未能拿下护城城堡。波斯卫兵的抵抗避免了卫城的沦陷，但吕底亚的国家神庙还是惨遭毁坏。在波斯人的大军逼近下，爱奥尼亚人仓皇逃跑.最终在以弗所被打败。
虽然这次起义失败了，但是骚乱就此开始，对萨迪斯的攻打也给所有的希腊部族以重要信息，促使他们与庞提德地区和博斯普鲁斯海峡的其他城邦、与卡利亚人、利西亚人以及塞浦路斯人联合起来。如此一来，色雷斯地区变得孤立起来。
波斯人以有计划的战略部署作为回应。他们收复了作为战略要塞的塞浦路斯岛，袭击那些对他们进行海上管控的海峡，然后攻陷达达尼尔海峡和卡利亚地区的城邦，逐步地压制米利都。达达尼尔海峡、马尔马拉海和伊奥利亚的城邦都被迅速征服。米和都最终被波斯军队封锁包围。
爱奥尼亚人聚集在位于米卡勒岬角、供奉海神波赛东的潘霍尼翁神庙。在这次大会上他们达成共识，认为陆地上取胜的可能性很小.最合适的办法是在海战中进行对决。
阿里斯戈拉斯希望其他希腊城邦支援的意图没有得到预期的反响。雅典勉强同意。仅支援二十艘船，而埃维厄岛上的厄立特里亚只愿支援五艘。斯巴达则拒绝参战。
爱奥尼亚的城邦中，有九座派出舰队，得以集中大约三百五十艘船.其中大部分是三层划桨船。希腊舰队聚集在米利都对面的小岛拉德，该岛由于地流的沉积，多年与大陆相连。
怒不可遏的大流士一世则召集了约六百艘船，其中包括腓尼基人、西里西亚人、塞浦路斯人和埃及人的船只，准备将爱奥尼亚人的叛乱连根铲除。
然而，波斯人事实上善于陆地战争，对并不十分熟悉的大海没有什么兴趣。从他们开始扩张起。腓尼基人的船只就一直当作商船使用。而现在要和埃及船只一起投入战争。因此他们对海战并不那么自信.深知希腊人在航海方面的优势。于是。波斯人不单纯依赖自己的只数量庞大，而是继续分化敌人，以加强自己的实力。
波斯人给那些一直保持联系的前领主和贵族散发大量的财宝，同时向所有胆敢与叛军结盟的城邦发出严厉警告和威胁.告知希腊军队近在咫尺的失败将带来的后果。这种宣传攻势从一开始便似乎没有收到效果，因为已经誓盟的各个城邦并没有改变态度。公元前494年，爱奥尼亚人和波斯人终于在拉德海战中相遇。