整个贸易体系运转地越发缓慢。货物从太平洋到西班牙得花上整整一年的时间，而从菲律宾到西班牙则需要两年。17世纪30年代，商路的疲态已开始显露，到17世纪末，难以为继的态势已显现无疑。与此同时，从1620年开始，美洲的白银运量骤减，英法走私商人转而成为了美洲土生白人的奢侈品提供者，西印度船队的贸易体系行将崩溃。
18世纪初，人们多次试图重整船队，但都无济于事。除了些驶往新西班牙的船队之外，再没有船队驶向那片“干燥的土地”。1778年签署了撤销船队的证明，也正是在这一年，西班牙颁布了自由贸易章程。
走私贩运，其罪可恕
在大安德列斯群岛和西班牙，从事走私活动是非法的，但却算不上什么不光彩的事。况且很多家庭都是靠走私来维持生计，有些甚至因此成了暴发户。走私者不分社会阶层，他们相互袒护包庇已经是不成文的规定了。走私活动带来的巨额利益甚至使走私者同满载货物而归的海盗相互勾结，沆瀣一气。
美洲的走私活动已经渗透到了社会的各个角落，上至总督下至平民，有时甚至占殖民地贸易量的三分之二强。
在整个殖民时期，当局对走私活动不仅迁就容忍，还经常直接参与其中。彼得罗萨副王曾对染指王室利益，私自放行船只并对其所载货物不予登记的卡塔赫纳总督和若干官员给予停职处分。因走私罪名被起诉过的还有秘鲁的好几任副王和买
卖违禁商品的埃斯基拉切王子。而因走私惹上官司的总
督竟数以百计。
参与走私的还有神职人员。在圣多明各，教会和世俗势力为此争得不可开交。1708年，在圣塔玛尔塔和里奥阿恰，走私者在一些牧师的庇护下做起了大买卖。阿玛特副王极力反对耶稣会教士在利马以外的地区售卖他们在伊德封索和齐略“的作坊生产的布料，因为其中夹带有走私货
在卡塔赫纳，皮米恩塔副王下令击沉了一艘当地主教的走私船。对可疑牧师的家进行检查是司空见惯的，就连教士和修女也干些走私的买卖。
尽管大多数情况下会征得当局的同意，但为了靠近西班牙的港口各路船队也常常使用以下借口:船只故障、急需补充淡水和新鲜食品、因恶劣天气被迫更改目的港、被海盗追踪、请求医疗救护以及其他能想到的借口。在船只的进港登记中，因紧急情况进港的占绝大多数。一旦靠岸，货物的流通便一发不可收拾了。当然，对于任何得以如此销售的商品都要强制课税。
在西班牙的殖民地，一度声势浩大的海盗活动在贸易量上最终不敌走私活动。此外，不可忽视的是走私活动将先进的书籍和思想引进到西班牙殖民地，成为日后促成美洲独立的革命运动的基石。