贸易交换的正常运作需要辅助船队，他们负责将来自伊比利亚半岛的商品转运至各地并搜集须运回西班牙的货物。这需要通过周密的计划和准确的指挥将船队进行编组进行货物的运输。事实上，这种情况几乎没有出现过。
在加勒比海、南太平洋和北太平洋上各有一支辅助船队负责远至拉普拉塔河11和菲律宾的贸易航线。
美洲的辅助船队通常由中小吨位的舰船组成.其中大部分为“新世界”所造。
加勒比海船队所辖舰船大部分为古巴和卡塔赫纳的船厂所造，而太平洋船队的舰船则来自于墨西哥和基多(瓜亚基尔)的船厂，
加勒比海的美洲船队规模庞大，其中还包含舢舨、小艇、双帆船和大量往来于古巴、波多黎各、圣多明各、委内瑞拉、新格拉纳达王国以及其他中美洲和墨西哥城市之间的小型船只。事实上.单凭加勒比海航线，西班牙船队便可开展贸易活动。随着定居点的不断增加，加勒比海地区开始为欧洲生产和提供可可、蔗糖、烟草、靛蓝、棉花和皮革。这些日益畅销的产品随着加勒比海的船队到达了不同的目的港，流入了世界各地。
太平洋上的两支美洲船队唯宗主国西班牙马首是瞻.成为其阻止个总督辖区之间的交流、防止出现脱离西班牙管制的内部商路和避免白银外流至东方的工具。
南太平洋船队也被称之为“南海舰队”，其基地设在卡亚俄。该船队负责将波托西的白银和除委内瑞拉和哥伦比亚之外的南美所有财货运抵巴拿马城以便其随后转运至波尔多贝罗，同时从巴拿马城将欧洲运来的货物接驳回秘鲁。
为了防止秘鲁的白银落入海之手，南海舰队和西班牙大帆船舰队力求密切配合。北太平洋舰队的基地设在阿卡普尔科1，这里同时也是来自危地马拉、萨尔瓦多和尼加拉瓜的各种产品的集散地然而，马尼拉大帆船才是在这里做买卖的真正主角，这也使得新西班牙舰队的势力扩展到了太平洋海域。
吨位可达几百甚至上千的马尼拉大帆船负责在马尼拉和阿卡普尔科之间往来运输墨西哥的白银。在当时的亚洲白银是一种比黄金更为稀有的金属，其价值自然高居不下。
因而，用白银低价购进亚洲生产的各种奢侈品，转运至美洲和欧洲售卖以赚取高额利润也便成了顺理成章的买卖。这种船只可载二百五十人。为慎重起见，船上通常载有批士兵，数量可观的乘客也可在必要时协助开展防卫。两地之间的航程漫长而艰难;从阿卡普尔科出发需要航行五六十天，约两千两百里格的航程。起初，返航时为了利用“黑潮”通常从日本方向绕行。但自1596年遭遇日本海盗袭击之后船队改变了航线。通常情况下，七月份从马尼拉出发返航是最理想的，但有时会拖延到八月份一冉往后就无法出海航行了，必须等上
整整一年。返航需要五六个月，一般在十二月份或来年的一月份到达阿卡普尔科。
随之而来的阿卡普尔科贸易集市可长达一个月之久。从马尼拉运来的各种商品可谓琳琅满目：象牙、印度宝石、中国的丝绸和瓷器、帝汶岛卫的檀香、摩鹿加群岛的丁香、锡兰的桂皮、婆罗洲的樟脑、马拉巴尔4的生姜，此外还有锦缎、漆器、壁毯和香料。而从阿卡普尔科运往马尼拉的货物有：可可、香草～、染料、菝葜、皮革以及支撑着这白银。
墨西哥自产丝绸的出现终结了马尼拉大帆船向美洲运送货物的时代。秘鲁打算用波托西的白银购买所需的中国丝绸、香料和瓷器，利马商人于是便派船直航菲律宾。由于担心秘鲁白银外流至东方.塞维利亚商人坐不住了，他们说服了西班牙王室禁止这种同亚洲的直接贸易。禁止在两个总督辖区之间通商使得阿卡普尔科港成为了摆设。新大陆同东方世界之间只剩下了走私贸易，两个总督辖区之间的贸易也同病相怜。
交易结束之后，双方舰队的商船须驶往哈瓦那，由等侍在那里的舰船护送回西班牙。返航时间不得晚于八月十日，否则在巴哈马航道必定会遭遇不测。不少船只曾葬身于这片海域，沉浸在水底的大帆船不计其数。如果船只未能按期返航，就得卸下船上的白银存放在安全的地方以待来年。同来时的行程相比，返航往往更加危险。除了飓风和风暴，还得面对海盗的威胁。船上的货物越贵重，遭遇海的可能性就越大。
当一切都准备就绪，航行中需要的淡水和粮食都已装船，便发出返航令，船队则重新摆开航海队形。此时不再派遣信号船返回伊比利亚半岛，以免惊动海盗。船队从哈瓦那驶向变幻莫测的巴哈马航道，一旦通过便径直驶向欧洲。尽管在整条航线上都有海盗的身影，但最有可能与之遭遇的地点是在亚速尔群岛2附近。有时西班牙会向这个大西洋中的小岛派出一些支援舰船接应从美洲返航的船队。
船队从亚速尔群岛驶向葡萄牙，中途往往会在阿尔加尔维停留以便卸下走私的货物。最后到达西班牙西南海岸，经过圣卢卡尔后，大帆船沿瓜达尔基维尔河艰难地逆流而上，最终到达内河港口塞维利亚。船队抵达塞维利亚后便开始卸货、清点白银、缴纳赋税。
结清水手的工钱后，各种武器都要归库。黄金白银将被千里迢迢运抵那些欧洲的工业中心，那里制造的手工品将会用于下一批远航的船队，而那里也将最终成为财富的聚集