在掌握日本版籍之前，徐卫本打算将日本按照地域分成八个一级行政单位行省，而原来的一级行政单位县改为二级行政单位府或者市，但现在看来这样的一级行政单位相对国内的行省来说委实太小，索性就保持日本原有一级行政单位县的称谓，将其行政单位改为第sān_jí，之上再设置八个府、市，最后形成单独的日本行省。
当然，在日本完成统一之前提出更改行政单位的计划还为时太早，不过当前却有一件事是势在必行，那就是在日本建立一套完整的保甲制度。
保甲制度是中国封建王朝时代长期延续的一种社会统制手段，它的最本质特征是以户为社会组织的基本单位，而不同于西方的以个人为单位。
儒家的政治学说是把国家关系和宗法关系融合为一，家族观念被纳入君统观念之中，因之便有了汉代的五家为伍，十家为什，百家为里；唐的四家为邻，五邻为保，百户为里，北宋王安石变法时提出了十户为一保，五保为一大保，十大保为一都保；元朝又出现了甲，以二十户为一甲，设甲生。
及至满清统治中国，这种制度终于形成了与民国时期十进位的保甲制极为相似的牌甲制，以十户为一牌，十牌为一甲，十甲为一保，由此建立起了封建皇朝对全国的严密控制。
就目前的形势而言，远在京都府的维新政府最大的优势就是拥有民意基础，这让他们能够快速征召治下的青壮入伍，在短时间内武装出一支数量庞大的军队，而他们的劣势在于武器弹药资源紧缺，在没有外购的情况下其钢铁生产不足以供应军队弹药的使用，而且在失去了关东平原、新潟平原浓尾平原这三处日本最大的粮食生产地，紧靠狭小的大阪平原不足以维持太大的军事力量。
相对来说，徐卫的情况却是恰恰相反，他最大的优势就是钱多。这让他在武器弹药和辎重补给方面可以任意挥霍，但是在经过一年多的大肆移民之后，皮尔巴拉地区的人口已经达到它所能够承受的极限，这也预示着军队的兵员也达到了一个临界点。在不考虑从朝鲜征兵的情况下他的军队只能保持不足二十万的规模。
这场统一日本的战争徐卫并没有打算用于日本有着血海深仇的朝鲜士兵，这主要是防止朝鲜籍士兵在进敱入日本后出现二战后期苏联在德国的暴行而激起治下日本百姓的激敱烈反抗，所以为了补充兵员，招收日本籍士兵是当务之急。
现在的情况是招收日本青壮入伍比较容易，但能够保持这样的军队在进攻维新政府时拥有一定的战斗力非常困难。甚至稍有不慎就会出现这些日本籍士兵临阵倒戈的境况，而控制这些日本青壮最好的方法就是在治下建立一条完整的保甲制度。
徐卫在军队击溃宫城县和石川县预备役军队后便派军队以营为单位进敱入各县，每县安置两营，以团长和副团长为军事长官，负责消灭各县反抗的地方守备部队和警察，然后再在各县将军队分成以连、排为单位的先遣队，各县治下大的地方用连级军队，小的地方用排级军队，县治则留一个连的预备队。
现在徐卫治下的日本各地与新中国成立时的情况非常相似，被击溃的预备役士兵在回到家乡后三五成群的聚集在一起时刻想着推翻政府的统治。在最初的时候着实为进敱入地方的部队带来不小的伤亡，不过好在反战者联盟和井上家势力及时派人到地方拉拢了一部分愿意投靠的士绅充当各地的官员，随后在这些本地官员的带领下军队实现了绝地反击。
在军队日渐强势的情况下，各地的反抗势力逐渐偃旗息鼓，等待军队撤离后再东山再起，于是乎整个执政政府的治下出现了短暂的和平景象，随后徐卫趁势发出了他自担任执政以来的第一道执政令，命令地方官员在军队的配合下建立完成保甲制度。
执政令规定，保甲编组以户为单位，设户长。十户为甲，设甲长，十甲为保，设保长。各保就该管区域内原有町、郡、村界址编定，或并合数町、郡、村为一保，但不得分割本町、郡、村一部编入他町、郡、村之保。
当然，这种保甲编制并不是非常的严格，在普遍的大家长制度下一个大的村落也不过有百户千多人左右，不过这种大的村落都是少数。更多的是十几户或者二三十户为一个村落，这就需要就近合村并甲达到一百户上下为止。
保甲之上设保长联合办公处，由保长互推一人为联保主任，而保长联合办事处之上设区，区的最高长官为区长。
执政令还规定，各地户长基本由家长充任，而其上的保甲长名义上由保甲内各户长、甲长公推，但县长查明不能胜任，或认为有更换必要时，得令原公推人另行改推，至于各区的区长却不是由联保主任推荐产生的，而是由县长推荐，经徐卫和政务院院长签字才能生效。
这份执政令最重要的一点则是规定了保甲连坐制度，强制命令各户户长一律签名加盟于保甲规约，并联合甲内户长共具联保连坐保证书，用官面名称为切结书，切结书声明如有为匪、通匪、纵匪等情事，联保各户实行连坐。
其中，保甲长受联保主任指挥监督，负责维持保甲内安宁秩序，联保主任受区长监督，负维持各保安宁秩序总责，但各保应办事务仍由各该保长负责，而区长则直接听命于县知事。
保甲组织的基本工作是实施管、