对三大营军田的改革，是从处理“军中官田”入手的。
在军户制刚开始实行的时候，三大营的军田还基本上算是平均分配的。可是二百多年下来，随着土地的不断兼并和军户的不断流失，已经出现了几十万亩军中的“官田”。名义上，这些田地不属于任何一个军户，而是归朝廷所有；可实际上，谁是监军太监，“官田”收成就归谁支配。京师地区虽然并非传统产粮区，但几十万亩地，每年至少也能收几万石粮食，折银就是十几万两。
过去不管是王朝奉还是其他监军太监，这笔巨额收入向来都是中饱私囊，从来都没分给过三大营官军一个铜板。现在王朝奉做为逆案钦犯已经伏法，太监制度也不复存在，这几十万亩“官田”顿时“无主”。
除“官田”之外，还有一些党附魏忠贤的高级将领被籍没所有家产。他们都是世袭武将，一二百年积累下来，每人都坐拥几万亩良田，与“官田”合计，竟达八十多万亩，几乎占到了京营军田的一半。
按照户部的意思，这些田产应该正式收归朝廷所有，然后朝廷再给百姓，照常缴纳田赋。朱由检却拒绝了这一建议，因为他很清楚，普通老百姓不地就不错了，哪有闲钱买地？如果真这么干，这些土地只能给大地主。而这些人有的是办法少交或不交田赋，因此土地越集中，国家能收上来的田赋就越少。在对田赋制度进行彻底改革之前，朱由检是绝不会主动加剧土地集中的。
所以，他就以“京营军田不宜裁减，恐军心动摇”等冠冕堂皇的理由，把这八十万亩地仍留在军中，并依其用途划分为三种。
第一种是“安置田”，即所有并入三大营的秦兵，每人赐田一亩。这一措施可谓极大地鼓舞了原秦兵的士气，因为在理论上有了土地，他们就可以把家安在京师，就可以把家眷从陕西接到京师来住。京师的地理位置当然比陕西要优越得多，谁不想有个“北京户口”？秦兵为国家浴血奋战，如今得到皇帝这样一份优厚的“大礼”，自是感觉汗水和鲜血没有白流，对皇帝和国家更为忠诚。
第二种是“军功田”。从改编之后开始，不论是过去的秦兵，还是经过比武大会筛选而留下来的官军，只要在训练和战斗中表现卓异，立下军功，便有资格获得田产奖励。三等功奖励三分，二等功奖励一亩，一等功奖励五亩，特殊功勋从优叙议。
这一招又极大地调动了全体官军的积极性。其实过去立下军功也有赏赐，不过都是现银，没几天就吃酒耍钱挥霍光了。现在赏赐田产，这可是能祖辈相传的，也更受到官军欢迎。自从公布这条规定后，三大营上上下下无不洋溢着一种期待打仗、渴望立功的情绪，一些原本害怕严格训练的官军，精神风貌也焕然一新。
第三种还是“官田”，在八十万亩土地中仍占大头。这部分田产不属于任何军户，说白了就是由朱由检直接调配。
过去“官田”都是监军太监强迫官军为他耕种的，现在朱由检又照搬在秦王庄时的成功经验，出钱雇佣军户的家属耕种。有偿劳动和干了白干，积极性当然大不一样，现在这几十万亩地已经按照朱由检的要求，全部种上了红薯，长势喜人。如果秋季正常收获，还可续种一茬马铃薯。
按照去年试种的经验，红薯的亩产约为八百斤，马铃薯的亩产约为七百斤。虽然这个产量比前世动辄几千斤的亩产差得还远，但比起过去种植小麦，每亩一二百斤的产量，已经算得上是超级丰产了。如果真能顺利收获，这两季收成就有八百多万石，不但军粮彻底无忧，还可以投入到京师粮食市场，把粮价一举打压下来！
至于那六万多“解甲军”，朱由检并没有让他们直接去干农活。除了修筑防御工事以外，他主要是让这些人修建基本农田水利设施。
京师附近有五条大的河流，分别为无定河、潮白河、拒马河、温榆河和泃河，其中以无定河水量最大。由于朝廷财力不足，已经几十年没有治理过河工，这几条河流多次泛滥，尤其是无定河，因为上游桑干河水土流失较为严重，河水含沙量大，河道淤塞严重，被老百姓戏称为“小黄河”。
而朱由检一是有在泾阳修水渠灌溉农田的经验，二是得到了徐光启献上的《农政全书》手稿后认真研读，对徐光启的“农政重于农技”、“水利先行”等观点极为认可。所以他先命“解甲军”集中治理无定河，除了清淤、筑坝等常规措施以外，还大力开凿引水渠，并在低洼之处蓄起几座小湖。有了水渠和小湖的分流，无定河水水位大幅下降，通行洪水的能力大为加强。
其时京师百姓深受无定河之害，朱由检借着整顿三大营，把这一害也给治理了，自是深得民心，就连常与他对着干的东林系大臣也不得不由衷地赞叹。阁臣钱龙锡还赋诗一首，称颂朱由检治水的功德，其词如下：
寿宫福地开嵯峨，高秋风日回熙和。羽骑初旋大峪岭，銮舆载指桑干河。
桑干之水何湍激，触石萦岸迸沙碛。浊涨沮洳九百里，惊涛喷薄三千尺。
下濑骤如风雨声，廻波忽变烟霞色。重瞳一顾三叹息，何物汹涌如斯夫。
吾观此水仅衣带，犹然衍溢为民害。况复黄河天上来，百折狂澜趋渤澥。
异时平陆翻洪波，泛滥不止如人何。美玉长茭愁不属，金钱岁费何其多。
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