在朱慈烺的强力支持之下，临清城的官方民间力量都开始被统合。
随后，一个个带着后后丝巾面罩，穿着厚厚棉布隔离服的护兵们迅速出动，将所有可能感染之人全部隔离。
这个时候，陈维道处心积虑只打算感染皇家近卫军团的心思反而起了反作用。
在皇家近卫军团严苛的军律面前，无人会反抗，隔离进行得异常顺利。
只可惜，前期的蔓延总归是传了出去。城中开始时不时出现瘟疫传染。
就当传染的恐惧蔓延全城的时候，朱慈烺却不避艰险，坚持要亲眼看病例。
当朱慈烺发现患者基本上都是发热、严重毒血症症状、淋巴结肿大、肺炎、出血倾向后，便心中有了准备。
朱慈烺立刻就想到了同时代不远的欧洲爆发的黑死病，也就是鼠疫。
而这个时候，明朝的瘟疫专家吴又可的表现便格外亮眼了。
吴又可本名吴有性，朱慈烺待之格外有礼，一直称呼吴又可。吴有性对付瘟疫极有经验，光是经他收集编撰成书的就有发颐、大头瘟、虾膜瘟、瓜瓤瘟、疙瘩瘟，以及疟疾、痢疾等急性传染病，他明确指出这些病都不是六淫之邪所致，而是四时不正之气所为。
换句话说，吴又可是认为瘟疫一定程度上是通过空气传播的。朱慈烺听了，又补充了一下，说这可能是患者口中飞沫传播，也就是呼吸道感染经呼吸道飞沫传播。通过呼吸、谈话、咳嗽等，借飞沫形成的方式传播。这也就是护兵被感染后，蔓延到全军与全城的结果。
吴又可先是不服，但仔细思虑却不由惊叹。为此，朱慈烺又连珠炮一般将其余三种传染路径都道了出来。首要就是鼠蚤叮咬。经鼠蚤传播，事实上鼠蚤叮咬就是最主要的传染路径，首先出现于啮齿动物，其次到蚤上。最终传染到人。当朱慈烺这般说的时候，吴又可已经不再仓促反驳了，而是敬候朱慈烺继续论述。
此外，朱慈烺又提出了会通过皮肤感染经皮肤传播。比如剥食患病啮齿动物的皮、肉或直接接触患者的脓血或痰，经皮肤伤口而感染。说到这里，吴又可已经相信了三分。他亲身经历，见过许多患者家书收葬亲属时因此感染。
到了这里，当朱慈烺提出吃未熟鼠肉之类东西感染的时候。吴又可已经不得不跟着相信。
心中一阵震荡过后，作为一名医生的本分，吴又可又紧跟着激动了起来：“瘟疫可平矣！”
治理瘟疫，便如同行军打仗一样，知己知彼百战不殆。
明白了传染路径，事情做起了便方便了许多。
首先便是扑杀老鼠，全城大清洁，全城大洗澡。
对此，朱慈烺更是开出了一根老鼠尾巴一百文钱的赏格。又利用临清是整个北方棉纺市场的优势，购买了数万套新衣。只需要一户清洗干净。便以半价方式售出去。
一时间，全城百姓全都沸腾了起来。
杀老鼠的杀老鼠，洗澡捉跳蚤的捉跳蚤。在瘟疫的死亡威胁与新衣和百文铜钱的诱惑下，纷纷被朱慈烺一纸命令搅动起来。
为此，就连不畏瘟疫危险，执意要来临清看望朱慈烺的赵诗瑶都激动起来。趁着这么一个时机，恒信商行的钱庄业务突然火热起来。因为，半价购买都是用的恒信银票，面值百文、一两的不记名银票竟是还出现了规模不小的溢价。惹得赵诗瑶刚刚与朱慈烺你侬我侬没几天便立刻投入到了商业上。
至于几个跟着过来的恒信关联商家也是意外地发了一笔大财。
有个姓王的商户从河南运了十六搜大船的煤，本以为天冷可以进京大发一笔。结果遇上战事。在临清耽搁了。得知要吃熟食，烧开水消毒以后，全城燃料需求大增，顿时就让这王商人大发一笔。
至于那些生产口罩衣帽的。更是纷纷欢喜地接了大单。
随后，吴又可又钻研出了达原饮、三消饮等方剂，示人以疏利分消之法，试图控制疫情。
终于，当填埋场里面迎来第八万根老鼠尾巴后，瘟疫的扩散下降了起来。当时间滑落到十六年三月的时候。临清城已经有十日没有出现新的瘟疫了。尽管，代价是城中死亡人数已经攀升到了两千六百四十九人。
对于这个数字，吴又可与杨文岳都是一副见到奇迹的模样。的确，临清而今可是有军民数十万呢。
也正是觉得这是一个极大的奇迹，杨文岳对朱慈烺一惯的信任又冒了出来：“殿下这莫不是一早就有准备，觉得可以控制住瘟疫，便放出清军，让他们清剿了曲阜孔家吧？”
但朱慈烺却完全没有这个心思：“我何曾畏惧过敌人？杨川盛中权我未曾畏惧、刘泽清侯恂，我未曾看得起。死于清军之手，而不是国法的审判，这于我而言，才是一个遗憾啊。”
朱慈烺坐在马车之中，掀开了帘子，看着马车稳稳停在随军医院之中。
“殿下，到了。”宁威轻声道。
朱慈烺点点头与杨文岳一起走进了随军医院里。
看着朱慈烺信步走进随军医院，杨文岳原先的猜疑悄然溶解：“殿下自身就在临清城内，面对瘟疫，更是亲身不避艰险。况且，连亲卫营之中的将士都有中招的。殿下自己也肯定清楚……谁都无法绝对避免被瘟疫感染。既然如此，殿下又如何可能……做这种事情？”
想到这里，杨文岳却更加感叹起来：“殿下能平瘟疫，度过这一关难关，这才是真正的大不